蛋白质组与转录组的关联分析如何做？

蛋白质组学和转录组联合分析该如何做？

基因表达不仅仅是从转录组到蛋白质的单向流动，而是两者的相互作用。要了解转录组和蛋白质组之间的相互调控作用，就需要对RNA和蛋白质的表达进行同步监测。那么该如何进行蛋白质组和转录组的关联分析呢？

首先，我们需要知道转录组和蛋白质组联合分析的目的是什么？

1、对生物体特定状态下的基因和蛋白质表达水平进行全方位分析，或得一个表达谱的“全景图”；

2、挖掘受转录后调控的关键蛋白或关键基因，寻找某些关键的代谢通路或者调控因子；

3、对于一些蛋白数据库不完整的物种，通过转录组数据构建蛋白质库，可以大幅度提高蛋白质的鉴定数。

然后，材料选取上需要注意什么？

根据研不同的究目的，选取不同处理的样本（不同发育时期、抗逆、胁迫、不同品种等等），分别提取相同组织样本中的总RNA和总蛋白，即转录组与蛋白质组分析所用的样本尽量保持一致，以最大限度的减小对后续基因与蛋白差异表达比较分析中所产生的误差。

最后，两者关联分析的主要内容包括哪些？

1、针对无参考基因组的物种，可以利用转录组测序构建蛋白数据库，这将大大提高蛋白的鉴定数量；

2、差异蛋白和差异基因在表达水平的关联分析：

首先将转录组和蛋白组中对应比较组的差异蛋白整合到一起，然后对这些差异蛋白进行分类：Down-Down（转录组和蛋白组中同时下调）、Up-Up（转录组和蛋白组中同时上调）、Up-Down（转录组中上调、蛋白组中下调）和Down-Up（转录组中下调，蛋白组中上调），最后以蛋白组鉴定到的全部蛋白为背景，对这四类差异蛋白进行功能富集聚类分析（GO富集分析、kegg富集分析等）。当然这一步分析也可以以基因为背景。

3、针对这些差异蛋白和差异基因，还可以做互作网络分析，找出关键的蛋白或者基因。