Vennerable包venn返回结果绘图

Vennerable包绘图过程  是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象,该对象是s4 譬如:  library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, typ...

1、Vennerable包绘图过程  是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象,该对象是s4

譬如: 

library(Vennerable)
data(StemCell)
w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])
plot(w, type="squares")


查看w显示其为Venn object:

> w
A Venn object on 2 sets named
OCT4,SOX2 
 00  10  01  11 
  0 219 875 404 


绘图plot的调用实际上是两个独立函数的方便包装,这两个函数首先计算绘图的几何形状,然后返回类VennDrawingand的对象,然后呈现该对象

所以代码等同于下方,获取Venn object 之后计算几何形状compute.Venn  再绘图:

library(Vennerable)
library(grid)
w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])
w <- compute.Venn(w, type ="squares")
grid.newpage()
plot(w)


都是获得下图结果:

attachments-2018-11-FaWXkRif5bdbf88888282.jpg


注意:第二种类型中,需要加载grid包,每次运行grid.newpage() 否则下一次绘图结果会叠加到上一次图片上


2、Vennerable中有一个函数Weights可以直接获取每个交集的对应的编号 以及交集内具体的count数,也就是图片上显示出来的数据

> Weights(w)
 00  10  01  11 
  0 219 875 404 


以上图结果为例,编号中0表示否,1表示是  及涉及与否的问题

00 表示两组都不包含的区域,也就是最外围,对应数量0

10 表示包含第一组 但是不涉及第二组,对应数量219 和图片中蓝绿色一致

01 表示不包含第一组,包含第二组,对应数据875  和图片中黄色一致

11 表示两组同时涉及,也就是交集,对应数据404  和图片茄色(?)一致


如果组别数量不同,编号会编号,如果是三组,编号为三位,以此类推。



如果想提升自己的绘图技能,我们推荐:R语言绘图基础(ggplot2)

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  • 发表于 2018-11-02 15:16
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  • 分类:R

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Daitoue
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