R语言apply批量进行t.test

批量t.test

基于R语言读取整个表格中的数据,并对每一行依次进行t.test,如果写成循环,运算速度非常慢,可以利用apply()函数辅助完成计算过程。

譬如有如下数据,共2000行6列,对A组数据和B组数据进行t.test计算:

head(data,2)
                        A1   A2   A3   B1   B2    B3
TRINITY_DN100001_c0_g1 2.5 2.81 4.75 1.96 2.71  6.11
TRINITY_DN100002_c0_g1 0.0 0.00 0.00 0.00 0.00 40.45
dim(data)
[1] 2000    6


基本函数为t.test(),并提取出返回值p.value,最终将所有p.value赋值给pvalue向量

pvalue=apply(data,1,function(x) t.test(x[1:3],x[4:6],paired = T)$p.value)


返回结果中针对第一第二行数据的pvalue值如下:

head(pvalue,2)
TRINITY_DN100001_c0_g1 TRINITY_DN100002_c0_g1 
             0.7165794              0.4226497 



  • 发表于 2018-11-08 21:53
  • 阅读 ( 13707 )
  • 分类:R

0 条评论

请先 登录 后评论
Daitoue
Daitoue

167 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 702 文章
  2. 安生水 351 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. rzx 78 文章
  7. 红橙子 78 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章