NCBI中SRA数据库简介
SRA数据库简介
S R A 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的数据，来自四个测序平台，分别为： Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。
SRA 数据库的组织架构
首先是项目编号，通常以PRJ开头，会记录该项目的一些背景信息，包括，研究的目的及意义，项目启动日期，作者单位信息等等，项目下面可以包含以下子内容：
(1)研究内容(study)。 在 SRA 数据库中， 研究课题的检索号(accession number)以前缀 DRP， ERP 或S R P 开头。
(2)样本信息(sample)。 样本的检索号以前缀 DRS， ERS 或 SRS开头。 样本信息可以包括物种信息、 菌株(品系)信息、 家系信息、 表型数据、 临床数据， 组织类型等。
(3)实验信息(experiment)。实验的检索号以前缀DRX， ERX 或 SRX 开头。
(4) 数据信息，包括序列及其质量信息等， 在 SRA 数据库中以run 为单元存储。 run 的检索号以前缀 DRR， ERR 或SRR 开头。
SRA 数据库进入方法：在NCBI主页找到SRA就可以直接搜索了： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
更多SRA数据下载： https://www.omicsclass.com/article/53
高通量fastq测序数据查看： https://www.omicsclass.com/question/42
- 发表于 2018-11-13 22:31
- 阅读 ( 14654 )
- 分类：软件工具
