MENA如何结合OTU共现性网络与环境因子

MENA可以在线分析OTU互作网络(共现性网络) 可参考:http://www.omicsclass.com/article/68 或 微生物OTU网络图绘制(Cytoscape) MENA在完成构建网络(Construct the network)之后,可以对网...

MENA可以在线分析OTU互作网络(共现性网络)

可参考:https://www.omicsclass.com/article/68 微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)

MENA在完成构建网络(Construct the network)之后,可以对网络进行分析(Analyze the networks),其中一项是结合性状数据,又或者说环境性状(因子)进行联合分析。

其主要步骤如下:

1

点击网页左侧Analyze the networks 进入分析页面,点击选择进行OTU与环境因子相关性等计算,如下图:

attachments-2018-11-YV9jktVU5bee510c1f2dd.jpg

2、进入网络选择页面,选择此前完成构建的并需要分析的网络,提交,并按照提示,开始提交环境因子文件:

attachments-2018-11-wCvuSED75bee51228fcf2.jpgattachments-2018-11-Po047quo5bee512909702.jpg

3、基于网站提示的文件格式准备样品的环境因子文件(tab分隔的文本文件):

attachments-2018-11-7CO2vyjs5bee51cf705b0.jpg

譬如我准备的数据如下(我瞎造的)

 attachments-2018-11-s1tUv8xh5bee51efc7058.jpg

4、在跳转页面进行分析设置,包括相关性计算方法,标准化方法,缺失值处理等,

相关性方法和网络有关,提交的环境因子数据一般已经标准化,可以不做处理,如果没有缺失值可不处理,其他根据选项的具体意思选择即可:

attachments-2018-11-j6rgPICx5bee5213021fe.jpg

5、提交之后,会计算出网络中OTU 和各环境因子之间的相关性大小(最下方可以下载保存):

 attachments-2018-11-9mrYsVXi5bee529e3be89.jpg

总结:基于表格中相关性的高低,可以判断该环境因子对哪些OTU影响较大,相关性越高,则影响愈大。


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  • 发表于 2018-11-16 13:16
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  • 分类:软件工具

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Daitoue
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