MENA可以在线分析OTU互作网络(共现性网络)
可参考:https://www.omicsclass.com/article/68 或 微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)
MENA在完成构建网络(Construct the network)之后,可以对网络进行分析(Analyze the networks),其中一项是结合性状数据,又或者说环境性状(因子)进行联合分析。
其主要步骤如下:
1、
点击网页左侧Analyze the networks 进入分析页面,点击选择进行OTU与环境因子相关性等计算,如下图:
2、进入网络选择页面,选择此前完成构建的并需要分析的网络,提交,并按照提示,开始提交环境因子文件:
3、基于网站提示的文件格式准备样品的环境因子文件(tab分隔的文本文件):
譬如我准备的数据如下(我瞎造的):
4、在跳转页面进行分析设置,包括相关性计算方法,标准化方法,缺失值处理等,
相关性方法和网络有关,提交的环境因子数据一般已经标准化,可以不做处理,如果没有缺失值可不处理,其他根据选项的具体意思选择即可:
5、提交之后,会计算出网络中OTU 和各环境因子之间的相关性大小(最下方可以下载保存):
总结:基于表格中相关性的高低,可以判断该环境因子对哪些OTU影响较大,相关性越高,则影响愈大。
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