MENA如何结合OTU共现性网络与环境因子
MENA可以在线分析OTU互作网络（共现性网络）
可参考：https://www.omicsclass.com/article/68 或 微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)
MENA在完成构建网络（Construct the network）之后，可以对网络进行分析（Analyze the networks），其中一项是结合性状数据，又或者说环境性状（因子）进行联合分析。
其主要步骤如下：
1、
点击网页左侧Analyze the networks 进入分析页面，点击选择进行OTU与环境因子相关性等计算，如下图：
2、进入网络选择页面，选择此前完成构建的并需要分析的网络，提交，并按照提示，开始提交环境因子文件：
3、基于网站提示的文件格式准备样品的环境因子文件（tab分隔的文本文件）：
譬如我准备的数据如下(我瞎造的)：
4、在跳转页面进行分析设置，包括相关性计算方法，标准化方法，缺失值处理等，
相关性方法和网络有关，提交的环境因子数据一般已经标准化，可以不做处理，如果没有缺失值可不处理，其他根据选项的具体意思选择即可：
5、提交之后，会计算出网络中OTU 和各环境因子之间的相关性大小（最下方可以下载保存）：
总结：基于表格中相关性的高低，可以判断该环境因子对哪些OTU影响较大，相关性越高，则影响愈大。
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- 发表于 2018-11-16 13:16
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- 分类：软件工具
