MENA如何结合OTU共现性网络与环境因子

MENA可以在线分析OTU互作网络(共现性网络) 可参考:http://www.omicsclass.com/article/68 或 微生物OTU网络图绘制(Cytoscape) MENA在完成构建网络(Construct the network)之后,可以对网...

MENA可以在线分析OTU互作网络(共现性网络)

可参考:https://www.omicsclass.com/article/68 微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)

MENA在完成构建网络(Construct the network)之后,可以对网络进行分析(Analyze the networks),其中一项是结合性状数据,又或者说环境性状(因子)进行联合分析。

其主要步骤如下:

1

点击网页左侧Analyze the networks 进入分析页面,点击选择进行OTU与环境因子相关性等计算,如下图:

attachments-2018-11-YV9jktVU5bee510c1f2dd.jpg

2、进入网络选择页面,选择此前完成构建的并需要分析的网络,提交,并按照提示,开始提交环境因子文件:

attachments-2018-11-wCvuSED75bee51228fcf2.jpgattachments-2018-11-Po047quo5bee512909702.jpg

3、基于网站提示的文件格式准备样品的环境因子文件(tab分隔的文本文件):

attachments-2018-11-7CO2vyjs5bee51cf705b0.jpg

譬如我准备的数据如下(我瞎造的)

 attachments-2018-11-s1tUv8xh5bee51efc7058.jpg

4、在跳转页面进行分析设置,包括相关性计算方法,标准化方法,缺失值处理等,

相关性方法和网络有关,提交的环境因子数据一般已经标准化,可以不做处理,如果没有缺失值可不处理,其他根据选项的具体意思选择即可:

attachments-2018-11-j6rgPICx5bee5213021fe.jpg

5、提交之后,会计算出网络中OTU 和各环境因子之间的相关性大小(最下方可以下载保存):

 attachments-2018-11-9mrYsVXi5bee529e3be89.jpg

总结:基于表格中相关性的高低,可以判断该环境因子对哪些OTU影响较大,相关性越高,则影响愈大。


相关课程:

微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读OTU网络图绘制


更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘转录组文献解读

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读OTU网络图绘制cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用perl入门到精通perl语言高级R语言入门R语言画图

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析GEO芯片数据挖掘GEO芯片数据标准化GSEA富集分析课程TCGA临床数据生存分析TCGA-转录因子分析TCGA-ceRNA调控网络分析

8.其他,二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读


  • 发表于 2018-11-16 13:16
  • 阅读 ( 12562 )
  • 分类:软件工具

1 条评论

请先 登录 后评论
Daitoue
Daitoue

167 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 698 文章
  2. 安生水 347 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章