蛋白质组数据采用maxquant 进行鉴定和定量分析之后，还需要进行蛋白的差异表达分析。目前大部分的分析软件都是在windows 上进行分析，不方便自动化。
为了方便进行自动化的分析，可以采用一个R包proteus来完成。该软件包的下载地址：https://github.com/bartongroup/Proteus
1. 软件包安装
由于该软件包的源代码放在了github 上，所以需要采用devtools 进行安装，安装方式可以查看github 上的说明文档，安装代码如下。
install.packages("devtools")
devtools::install_github("bartongroup/proteusLabelFree")
devtools::install_github("bartongroup/proteusTMT")
devtools::install_github("bartongroup/proteusSILAC")
2. 支持的数据定量方法
目前该R包只支持3中类型的定量方法，分别是：Label Free, TMT和SILAC. 还不支持itraq 标记的定量。
3. 使用方法
使用方法，可以参考该软件包的使用说明文档。以查看TMT相关的分析文档方式如下：
vignette("TMT", package="proteus")
