扩展蛋白（Expansin）是存在于植物细胞壁上的一类酶蛋白，能够通过打断细胞壁上多聚物间氢键诱导酸依赖的细胞壁延展和压力松弛，几乎在植物生长发育方方面面都具有重要的调控功能。

下面我们通过一篇2018年11月8日在线发表在期刊：Planta（IF=3.249，中科院分区：2区）上的题为： Genome‑wide identifcation, characterization, and expression analysis of the expansin gene family in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.) 的冬枣中扩展蛋白家族（expansin gene family）分析文章，一起来看一看，基因家族需要做哪些分析就能发2区的期刊！原文献下载地址见文末！

结果部分：

1. 冬枣中扩展蛋白家族基因的鉴定

作者通过blast方法，在冬枣基因组中共鉴定到30个扩展蛋白家族基因，如下图：共划分为4个亚群：19个ZjEXPAs、 3个ZjEXPBs、1个ZjEXLA和 7个ZjEXLBs。

绘制家族内基因染色体位置分布图，如下图：其中一个ZjEXPA19位于scaffold上，其余29个分别位于冬枣12条染色体中的10条染色体上，如下图：

2. 序列比对和系统发育分析

将30个扩展蛋白家族基因进行多序列比对显示：大部分基因都由三部分组成（signal peptide 和 domains 1 and 2）。所有的 ZjEXPB和大部分 ZjEXPA都有HFD motif，但ZjEXPA的HFD motif中存在大的插入和缺失变异（α-insertion and α-deletion），如下图：

为了解扩展蛋白家族基因进化关系，作者用来自4个被子植物（1个单子叶职植物水稻；4个双子叶植物：拟南芥、苹果、葡萄、冬枣）的191个扩展蛋白构建系统发育树，具体数据见下图：

3. 扩展蛋白家族基因结构及motif分析

扩展蛋白家族个基因外显子内含子等结构示意图如下；

motif鉴定如下，共鉴定到15个明显的motif，ZjEXPA亚群基因的motif组成与其他亚群差异较大，具体信息见下图。

4. 冬枣与拟南芥间扩展蛋白家族基因的同源性分析

拟南芥中扩展蛋白功能研究较为完善，进行冬枣与拟南芥间扩展蛋白同源性分析有助于解析冬枣中扩展蛋白的功能，具体信息见下图：

5. 扩展蛋白家族基因启动子区域顺式作用元件分析

冬枣扩展蛋白家族基因启动子区域顺式作用元件类型较多，共鉴定到102种类型，其中27种未知功能，其余功能注释详见下表：

6. 冬枣扩展蛋白家族基因表达组织特异性分析

为分析冬枣扩展蛋白家族基因在根、茎、叶、枝、花、果实等组织中的表达情况，作者在NCBI SRA数据库中下载了具有以上6个组织转录组数据，分析了扩展蛋白家族基因的组织表达特异性，如下图：

7. QRT-PCR验证扩展蛋白家族基因表达组织特异性

为了更全面了解扩展蛋白家族基因功能，作者又选取幼嫩叶片、成熟叶片、茎、花、幼嫩果实、白色成熟果、半红果、全红果等8个组织，用QRT-PCR分析了扩展蛋白家族基因在以上8组织中的表达模式变化，如下图：

总结：

基因家族分析发表SCI已经老生常谈了，通过这篇发表于11月8日的文章来看，此类文章依然比较好发；家族基因鉴定、染色体位置分布及基因结构分析、系统发育分析、基因加倍复制事件及结合家族内基因表达模式分析，仅需这5块分析内容就可以发表一篇gene、BMC genomics、Planta等2-4分的期刊，是不是很值呢！

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冬枣扩展蛋白家族分析原文献下载方法：

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