芯片灰度图
基因芯片灰度图是最原始的图像，每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。
基因芯片灰度图是最原始的图像(基本的杂交扫描图之一），每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。利用灰度图可以查看芯片的质量情况，最好
没有杂质，例如太高或者太低强度的信号点，刮擦的痕迹，背景太高等等，整个图像比较均一，背景均一。
基于affy包中的image()函数，对AffyBatch对象直接可以绘制出每一个样本芯片的灰度图，
以GSE66196数据为例，绘制第一个样本灰度图。
image(AffyBatch[,1])
相关课程：GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、R语言画图
更多生物信息课程：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言入门、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他，二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读
- 发表于 2018-12-07 13:37
- 阅读 ( 3761 )
- 分类：R
