转录组中Count, TPM,FPKM如何计算
转录组中Count, TPM,FPKM如何计算
转录组数据分析中，进行基因表达定量获得的read count 数，是如何计算成TPM和FPKM的呢？参考《What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units》这篇博客，
1. TPM 公式如下：
2. FPKM 公式如下：
3. TPM与FPKM的关系
对应的R 代码如下：
countToTpm <- function(counts, effLen)
{
rate <- log(counts) - log(effLen)
denom <- log(sum(exp(rate)))
exp(rate - denom + log(1e6))
}
countToFpkm <- function(counts, effLen)
{
N <- sum(counts)
exp( log(counts) + log(1e9) - log(effLen) - log(N) )
}
fpkmToTpm <- function(fpkm)
{
exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))
}
countToEffCounts <- function(counts, len, effLen)
{
counts * (len / effLen)
}
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- 发表于 2018-12-09 10:49
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- 分类：转录组
