两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图！
使用FigTree制作漂亮的系统发育树。这款软件需要在JAVA环境下运行，所以使用前记得要安装JAVA。
第一步：选择合适的树形
使用File – open 打开树文件（一般为.nwk文件），在左上方绿色框内有三种不同形式的系统进化树 树形可供选择。大家可以根据自己的分析目的来选择合适的树形。
矩形进化树：
辐射状进化树：
选择好树形后，如果觉得还不够美观，我们可以对树枝进行调整（我们拿环状进化树进行后续演示），在左测一列中勾选Tree-Transform branches，有三类树枝类型equal、cladogram、proportional，选中你要的树枝类型。显示树根就在绿色框的Show Root打对勾。
“equal”类型树枝的树图：
“proportional”类型树枝的树图：
“cladogram”类型树枝的树图：
第二步：美化ID
选择好整体的树形和树枝类型后，该给这棵树添加颜色了。修改树末端基因或者蛋白ID的字体大小，选左侧TipLabels ,点击Font会弹出一个框框，选择你需要的字体及大小，点击确定就好了。
注意：如果进化树需要显示bootstrap，在导入带有支持率的文件时会有提示该内容名称(假如你命名为"boot"), 勾选左侧一列的BranchLabel,在Display选项里勾选"boot"，就会显示啦，你还可以继续设置"boot的字体大小、颜色、有效数字等。
觉得黑色不好看？那就改成你想要的颜色吧，点击图片正上方的Taxa,就可以选中你想改变颜色的ID,或者点击Find（放大镜标志）输入你想要改变颜色的ID，如图：
点击绿色框框会弹出下面的颜色框，选好颜色点击确定就ok了
第三步：美化树枝
改变树枝的颜色，点击图片正上方的Clade，你就能选中你想要改变颜色的树枝了，跟设置字的颜色一样改变颜色。
想让树枝变成跟下面例图一样的三角状，点击图片正上方的Clade，再点击Cartoon,树枝末端就变成三角状，然后再添加颜色
大功告成，输出文件：
设置完毕后点击file-export就能保存图片了，有PDF,SVG,PNG等格式可以选择。Fig Tree的基本操作就介绍到这里，
更多生物信息课程：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课，学习链接：linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章，学习链接：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他课程链接：二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读。
- 发表于 2018-04-22 18:38
- 阅读 ( 29353 )
- 分类：软件工具
