双通道芯片MA和density
limma包可以对芯片数据进行处理，读取的原始数据格式的也比较多，包括gpr、txt等，这些文件格式和芯片图片处理软件有关。
而经过数据读取之后，获得RGList或者EList，前者对应双色芯片，后者对应单色芯片。
一般双色芯片RGList需要经过背景校正（backgroundCorrect）、芯片内标准化（normalizeWithinArrays）、芯片间标准化（normalizeBetweenArrays），最终获得标准化后的MAList。
查看每一步的数据分布情况可以基于limma提供的plotMA绘制MA图，或者plotDensities查看密度图
以GSE121505数据为例，正常读取后获得RGList，查看array1的MA图以及密度图：
plotMA(RGList,array = 1)
plotDensities(RGList[,1])
以及完成所有校正后的MAList
plotMA(MAList,array = 1)
plotDensities(MAList[,1])
注意：由RGList，到完成所有校正过程，中间生成的object，都可以按照此方法查看每一步处理的变化
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- 发表于 2018-12-14 16:50
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- 分类：R
