aspera上传数据的时候老是链接中断,一晚上的时间白白浪费了,怎么办?

aspera上传数据

前面我们介绍了如和用命令行的方法上传高通量测序数据到NCBI的方法,见:https://www.omicsclass.com/article/398

但是,aspera命令行由于连接的原因老是中断,本想着利用晚上的时间上传数据,明天一早就能完成,但是第二天起来发现连接中断了,一晚上时间白白浪费了;

attachments-2018-12-IbvA0ttF5c17b0c621fbf.jpg

linux解决办法

如果在Linux当中使用aspera,我们可以把上传的命令,写到sh里面然后批量运行。这里有个技巧,就是把上传命令多copy几遍保存,一旦链接中断下一条命令还可以再运行;

windows解决办法

在windows的dos命令当中其实也可以批量运行命令,如下:

将要上传用到的命令写好,输入的文件都写绝对路径,然后把这条命令保存到一个  .bat 结尾的文本文件当中,记得多复制几遍这条命令,一旦有一条命令连接失败还会有下一条命令继续链接;呵呵,多重保险;

写完保存这个文件,然后双击这个文件windows就可以批量运行了,第一条命令断了,下一条继续连接,多重保险,所以不用担心中途断掉浪费时间了;

attachments-2018-12-NBuVoSLK5c17b1eb10067.jpg

NCBI详细上传视频见:《NCBI和GEO数据库上传课程


更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘转录组文献解读

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读OTU网络图绘制cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用perl入门到精通perl语言高级R语言画图

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析GEO芯片数据挖掘 GEO芯片数据不同平台标准化 、GSEA富集分析课程TCGA临床数据生存分析TCGA-转录因子分析TCGA-ceRNA调控网络分析

8.其他,二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读


  • 发表于 2018-12-17 22:20
  • 阅读 ( 11756 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

702 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 702 文章
  2. 安生水 350 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 76 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章