vcftools去除或保留vcf文件中的样品
vcftools去除或保留vcf文件中的样品
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品，用到的选项为 --indv 和 --remove-indv ，指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。
具体用法如下：
下图为原始vcf文件。
只保留1和10号两个样品，执行以下代码：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1 --indv 10 > out.vcf
删除1号样品，执行以下代码：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1 > out.vcf
如果样品较多，也可将样品保存到文件 id.txt 中，每行为一个样品ID，格式如下：
1
105
然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。
--keep <filename> 保留样品
--remove <filename> 删除样品
代码如下：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf
- 发表于 2018-12-21 14:08
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- 分类：R
