vcftools过滤变异类型
vcftools过滤变异类型
vcf文件中可能会同时是包含snp以及indel两种变异类型，如果想将其分开，可利用vcftools实现。
具体用法如下：
下图为原始vcf文件（raw.vcf），可以看到包含indel以及snp。
过滤掉indel，只保留snp --remove-indels。
执行以下命令：
vcftools --remove-indels --recode --recode-INFO-all --vcf raw.vcf --stdout >raw.snp.vcf
过滤掉snp，只保留indel --keep-only-indels。
执行以下命令：
/vcftools --keep-only-indels --recode --recode-INFO-all --vcf raw.vcf --stdout >raw.indel.vcf
这样，就可以分别得到只包含snp和indel的vcf文件了。
此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘
6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接：
- 发表于 2019-01-04 14:27
- 阅读 ( 7518 )
- 分类：软件工具
