vcftools过滤指定缺失率的变异位点
vcftools过滤指定缺失率的变异位点
vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的，也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高，这种snp位点在很多分析中是不能用的，需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing 。
具体用法如下：
下图为原始vcf文件。
运行以下命令：
vcftools --vcf snp.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --max-missing 1 > snp.new.vcf
--max-missing 后跟的值为 0-1 ，1代表不允许缺失，0代表允许全部缺失
最后，得到的vcf文件中snp位点都是没有缺失的。
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- 发表于 2019-01-04 16:05
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- 分类：软件工具
