获取MOTIF 位置信息矢量图
MEME(Motif-based sequence analysis tools)大家都很了解，是搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具，结果输出一般是有四个文件，motif的图形展示文件（LOGO），txt文本，html的网页信息文件及xml...
MEME(Motif-based sequence analysis tools)大家都很了解，是搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具，结果输出一般是有四个文件，motif的图形展示文件（LOGO），txt文本，html的网页信息文件及xml格式文件。
html文件主要包含两部分信息：其一是motif的属性信息（见下图），给出了LOGO，点击红色方框中的箭头，会显示motif在每个基因上的起始位置、p-value及序列：
其二，html文件还包含了motif在基因上的位置信息（见下图）。
很多情况下，我们需要对该图片做进一步处理或者直接置于文章中，但该图片无法直接保存，而截图获得的并是不矢量图，在后续应用中可能会有麻烦。
下面我们介绍如何使用软件TBtools从xml文件中获取“motif locations”的矢量图。
1.选择工具
选择Java打开软件TBtools，这个软件有很多功能，此次的目的是将xml文件储存的motif locations信息转化为图片。工具选择如下图所示：
2.输入文件
如下图所示点击右侧红色方框中的按钮选择输入文件也就是MEME结果中的xml文件，文件输入以后点击下方的start运行。
3.保存结果
生成结果时会弹出一个新的窗口，如下图所示，窗口内存放的就是motif在基因上的位置图。保存图片时点击Save Graph，弹出一个小窗口（如下图所示），选择要保存的图片的格式（建议保存PDF格式，便于以后修饰图片）点击Save就可以了。
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- 发表于 2018-04-22 21:05
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- 分类：软件工具
