circos-基因组圈图调整标签文字重叠
利用circos绘制基因组圈图（可参考：https://www.omicsclass.com/article/644），对部分位置进行文字标签标注，由于位置较近，很容易导致文字重叠，在绘图时可以利用plot中对应的参数进行控制：
（具体请结合参考：http://circos.ca/tutorials/lessons/2d_tracks/text_labels1/images 和 http://circos.ca/documentation/tutorials/2d_tracks/text_labels1/lesson ）
label_snuggle=yes #如多个文本文字距离过近，避免重叠
show_links=yes #显示标签和染色体之间的连接
link_color=black #连接线颜色
link_dims=0p,20p,50p,2p,2p #连接线细分五部分，各部分长度
link_thickness=2p #连接线厚度
r0=1r #标签位置，其r0和r1大小能控制标签在内或在外
r1=1r+200p
如上所述，选择label_snuggle为yes ，同时结合link_dims五个值进行控制，譬如五部分值为，可以获得如下图结果：
link_dims=10p,10p,50p,20p,10p
C和D还是在位置上重叠，只不过径向上一前一后进行移动了。
但是当标签文字过长还是可能会出现重叠问题,或者隐藏，譬如：
此时可以进一步调整的参数 r0=1r和 r1=1r+200p
将r1位置调大，譬如修改如下可获得结果如下图：
link_dims=10p,10p,50p,20p,10p
r0=1r
r1=1r+500p
综上其实可以发现，当标签超过r0和r1的位置时，其实这个标签不会进行绘制的。 所以即使此刻度只有一个标签，当其名称过长，r0与r1控制的位置小，也不会绘制这个标签。
除了控制r0和r1之外，还可以对两个参数进行控制，控制文字位置，分别为
rpadding ###径向控制文字位置(可正可负）
padding ###角度上控制文字
1、rpading会导致整体移动，并没有对重叠问题有帮助，除非同时调整r0和r1
link_dims=10p,10p,50p,20p,10p
r0=1r
r1=1r+200p
rpadding=200p
2、padding，在角度上调整，会调整标签重叠，数值可正可负，譬如正值结果活负值结果不同：
link_dims=10p,10p,50p,20p,10p
r0=1r
r1=1r+200p
padding=0.25r
很神奇的隐藏了B，而修改为负值：
link_dims=10p,10p,50p,20p,10p
r0=1r
r1=1r+200p
padding=-0.25r
四个标签都存在，比较拥挤，之后简单调整一下link_dims即可
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- 发表于 2019-01-17 17:39
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- 分类：软件工具
