判断GEO芯片数据是双通道还是单通道

GEO芯片数据芯片类型判断

基因芯片分双通道芯片和单通道芯片,GEO数据库上的芯片多数是寡聚核苷酸芯片 对应单通道芯片,但是也有部分芯片数据是属于双通道芯片(cDNA芯片),二者分析方法具有差异,进行数据下载之前要对数据进行了解。

1、搜索到感兴趣的GSE数据之后,查看数据总的介绍,和芯片类型,一般通过相关介绍能了解到大致情况,譬如,进入具体的芯片介绍
attachments-2019-01-n6sCUIDv5c41823ac1b2f.jpg可以看到明显提示信息
attachments-2019-01-mAtc0vp65c41825e50d5a.jpg如不确认,可以选择其中GSE下的一个样品(GSM)进行判断:明显的单通道芯片数据,对应其中一个样品的数据,数据信号强度已经经过标准化并进行了对数转换(log2)

attachments-2019-01-oipd9A5s5c41830ae35ef.jpg2、明显的双通道数据,一般提及cy5 (red 红色 处理样) cy3(green 绿色 对照样)log2Ratio等信息

attachments-2019-01-DYAvdGc55c4184da21f1b.jpg

如上图中就明显提及是cDNA 芯片等,选择一个具体的GSM,可以看到该芯片对应的具体样本信号等信息:明显涉及了两个样本,不同的Channel等信息

attachments-2019-01-JsDplT0W5c4185743fab5.jpg

获取的标准化数据也是log2Ratio

attachments-2019-01-ilkW6d8F5c41862969123.jpg
这类数据和常见的单通道芯片数据的分析方法不同,可以直接基因log2Ratio 进行差异筛选。



相关课程:GEO芯片数据挖掘GEO芯片数据标准化


更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘转录组文献解读

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读OTU网络图绘制cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用perl入门到精通perl语言高级R语言入门R语言画图

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章:TCGA-差异基因分析GEO芯片数据挖掘GEO芯片数据标准化GSEA富集分析课程TCGA临床数据生存分析TCGA-转录因子分析TCGA-ceRNA调控网络分析

8.其他,二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读


  • 发表于 2019-01-18 15:45
  • 阅读 ( 13594 )
  • 分类:其他

0 条评论

请先 登录 后评论
Daitoue
Daitoue

167 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 700 文章
  2. 安生水 348 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 75 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章