甲基化数据中探针位置的分类

甲基化数据中探针位置的分类

从TCGA下载下来的甲基化数据中,最后一列Feature type ,是对甲基化位点的位置分类。主要包括5类:

N_Shelf:CpG岛上游2-4 kbp

N_Shore:CpG岛上游0-2 kb

CGI: CpG岛

S_Shore:CpG岛下游0-2 kb

S_Shelf:CpG岛下游2-4 kbp

其示意图如下:

attachments-2019-02-mKWyJMck5c6f568a8cc60.jpg


如果您想学习TCGA数据挖掘,请学习的我TCGA系列课程:

TCGA-甲基化生存分析

TCGA-生存分析

TCGA-基因差异表达分析

TCGA-ceRNA调控网络分析

TCGA-转录因子调控


  • 发表于 2019-02-22 09:54
  • 阅读 ( 7154 )
  • 分类:TCGA

0 条评论

请先 登录 后评论
microRNA
microRNA

115 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 700 文章
  2. 安生水 348 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 82 文章
  6. 红橙子 78 文章
  7. rzx 75 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章