转录组如何与其他实验手段结合?(第二篇文献)

同一个转录组数据多篇文章,转录组如何结合其他实验手段!好文难得!

上一期,我们一起了解了积雪草苷合成过程中糖基化反应的转录组文章,今天我们来看第二篇同样以这个转录组数据为基础的第二篇SCI文章,这一次作者关注点更加细致,下面听我娓娓道来:积雪草酸是由香树脂醇α-amyrin在C-2α, C-23 和C-28三个位置进行3次羟基化形成的。(红色框内)

attachments-2018-04-tOEZXtAm5adc9f82d1563.jpg

前人已经报道细胞色素P450亚家族CYP716中CYP716A83和CYP716A86单氧酶催化了C-28位置的羟基化,CYP716C11负责C-2α位置的羟基化,而C-23位置则无报道,所以本文重点阐释C-2α位置的羟基化问题。同样作者在该文章依然借助了qRT-PCR、异源共表达、气质联用(GC-MS)等手段,下面一起来看看:

1. 香树脂醇α-amyrin(底物)合成基因CaDDS的验证

由于前人对合成α-amyrin的基因CaDDs报道有争议,所以作者通过在GIL77酵母突变株中过表达CaDDs,并通过质谱鉴定生成物,验证了CaDDs合成α-amyrin的正确性。接下来将用CaDDs作为底物α-amyrin提供者与候选P450单氧酶基因进行共表达试验。

2. p450基因的筛选

作者通过对茉莉酸甲酯处理后的积雪草叶片转录组组装出的unigenes进行同源比对,共筛选出149 unigenes被注释为P450酶基因, 23个具有完整开放阅读框,其中13个在其他物种中报道过与次生代谢有关的被划分到P450家族不同的亚家族。

attachments-2018-04-7HYDWvCX5adc9fad40164.png

接下来作者又在茉莉酸甲酯处理后的发根培养物中用RT-PCR对上述13个与次生代谢相关的P450酶基因进行表达模式变化分析,结果13个基因中只有8个在处理后12h开始表现出上调表达;进一步用QRT-PCR检测这8个上调表达基因,又排除掉cyp72A309这个酶基因。

由于积雪苷只要是在叶子中合成,根据RNA组织特异性表达原则,作者把在叶中特异表达的P450酶基因作为优先关注的候选基因,最终选定CYP716A83, CYP716A85, CYP714E19 和CYP736A118这4个基因作为P450酶候选基因。

attachments-2018-04-AB8eLR1g5adc9fce48983.png将积雪草所有的P450酶基因按序列相似性构建进化树,可以看到CYP716A83与已知参与C-28位置的羟基化的P450基因聚在一起;CYP716A85则被重新定义为CYP716E41,参与C-6位置的羟基化;而CYP714E19 和 CYP736A118才是最有可能参与C-23位置羟基化的酶。attachments-2018-04-ZaN4BHaL5adc9ffd2b262.png

3. 共表达系统检验候选P450酶催化活性

酵母共表达系统检测候选基因酶催化活性,分两轮试验进行,第一轮是单个候选酶基因与CaDDs的共表达;第二轮是多个候选酶基因与CaDDs的共表达,两轮实验产物均以气质联用(GC-MS)进行检测鉴定。

CaDDs与CYP716A83酵母系统共表达,生成物鉴定显示CYP716A83酶能够将多种三萜类包括α/β-amyrin C-28位置甲基分步氧化至羧基,生成三萜类酸。

attachments-2018-04-s2X0t1kb5adca0398ac5f.pngattachments-2018-04-PBy56bSR5adca0483d5fa.png

CaDDs分别与其他三个候选P450酶基因酵母共表达体系均能生成三萜醇类,主要是β-amyrin 和α-amyrin,但未发生进一步氧化。

第二轮实验中以CaDDs和CYP716A83分别与CYP716A85、CYP714E19 、 CYP736A118构建共表达体系,结果显示CaDDs、CYP716A83和CYP716A85;CaDDs、CYP716A83和CYP736A118两组合均生成三萜类产物,并未产生进一步的氧化产物。但是CaDDs、CYP716A83和CYP714E19组合可以生成多种C-23被氧化成羟基的三萜类化合物,并且CYP714E19可以催化熊果纯、高根二醇、熊果酸、齐墩果酸,但是不能单独催化香树脂醇(amyrin)。

attachments-2018-04-uLiVVQKj5adca05cc2f75.pngattachments-2018-04-CiHmsAtW5adca0654b34c.pngattachments-2018-04-H9KNv1yS5adca07007d9d.png

CYP714E19单独不能催化amyrin,但与CYP716A83一起却可以催化amyrin的C-23羟基化,说明有可能CYP716A83催化的C-28位置生成三萜类酸,发生在C-23羟基化之前。

最后作者还提出积雪草中不仅存在乌苏烷类型三萜皂苷,还可能存在齐墩果烷类皂苷,他们共享2α-C, 6β-C和 23-C等功能基团,只是本实验数据的局限性,要想进一步确认还需更多的实验数据支持。

attachments-2018-04-AyJQHhcL5adca09e02e4f.png

参考文献:

Kim OT at all. A Novel Multifunctional C-23 Oxidase, CYP714E19, Is Involved in Asiaticoside Biosynthesis. Plant Cell Physiol. 2018 Mar 22.

日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决:

1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操 

2. 2区文章发文新思路,0实验就能发文章,省钱省时间,套路化内容好写易发表,0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接:最新基因家族分析 ;最新版泛基因家族分析

3. 转录组越做越普遍,实验必备,看不懂结果?不会深入分析?自学都可以搞定,学习链接:有参转录组自主分析实操 转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ; 

4. 代谢组分析硬件要求不高,个人电脑就可以分析,0基础学习链接:代谢组分析实操

3. 现在才是发表T2T基因组/泛基因组文章的好时机,成本低,好发表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析

4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,提升文章亮点,勇敢冲击NGS顶刊,学习链接:群体遗传进化GWAS分析 ;

5. 传统图位克隆研究方法经久不衰,有遗传群体,有性状,自己就可以做,学习链接:遗传图谱构建与QTL分析

6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析,学习链接:宏基因组分析 ;微生物16S/18s/ITS多样性分析

7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路,成本低,文章好发,性价比极高,学习链接:线粒体基因组分析实操 ;叶绿体基因组分析实操

8. 数据分析硬件利器,个人分析能力的倍增器,好用便宜的云生信服务器,专门为高通量测序数据分析而生,了解链接:云生信服务器

9. 免费好课,个人能力提升,生信入门,不可错过,内容涵盖:生信语言与工具基础、R语言绘图、常见科研绘图、数据处理技能等,免费好课总入口:

点我开启学习之旅

10. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击进入组学大讲堂网校学习


  • 发表于 2018-04-22 22:49
  • 阅读 ( 4072 )
  • 分类:转录组

1 条评论

请先 登录 后评论
红橙子
红橙子

9 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 727 文章
  2. 安生水 360 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. xun 89 文章
  6. rzx 85 文章
  7. 红橙子 81 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章