UALCAN--TCGA数据挖掘网站
UALCAN （http://ualcan.path.uab.edu/index.html）是一个有效的癌症数据在线分析和挖掘的网站，主要是基于TCGA数据库中的相关癌症数据进行分析，它可以帮助医学科员人员对相关基因进行biomarker鉴定、表达谱分析，生存分析等等，还可以通过相关链接查询其他数据库中的相关信息。总而言之，是一款操作简单、快速有效的TCGA数据挖掘分析的网站工具。
基因整体表达热图
针对研究的癌症项目，可以查看整体的基因表达情况，譬如，通过网页Analysis 进入数据分析页面后，选择感兴趣的癌症类型（如下图），展示其基因表达热图。
网站将自动显示热图结果，在正常样本和癌症样本中，过表达和下调表达的将分开显示，其中第一页一般显示Top25，调整页面数，可以显示其他结果，同时使用者可以选择不同的图片保存格式（见下图）。
目标基因深度挖掘
在经过数据的初步分析和相关筛选之后，针对筛选出的目标基因进行表达鉴定、biomarker的鉴定、生存分析等等。例如此处选择一个目标基因ANLN（多基因以“,”分隔） 进行演示，在输入框中输入ANLN，并选择研究的癌症类型，点击Explore（见下图）。
针对输入的基因将跳转出相关可分析项目，以及基因在其他数据库中的信息链接等（见下图）。具体包括了表达分布、生成分析、相关性分析等等。
以前两者为例显示结果：
1、 expression
选择expression 后会进入对应的基因表达box分布图显示界面。网站将对表达分布结果进行统计分析。同时使用者可以选择不同的分布显示方式（见下图），图片同样可以下载保存。
2、survival
针对目标基因进行生成分析，选择survival进入分析结果显示界面，结果如下所示：网站将根据不同的分组方式计算和绘制生存曲线。
当然网站还提供其他的分析内容，感兴趣的同学可以学习使用，毕竟它实在是一个好用的TGCA数据挖掘网站！
相关课程：
TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、WGCNA-加权基因共表达网络分析
更多生物信息课程：
1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读
3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析
4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6. 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言入门、R语言画图
7. 医学相关数据挖掘课程，不用做实验也能发文章：TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他，二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读
- 发表于 2019-03-08 09:50
- 阅读 ( 8492 )
- 分类：TCGA
