VIP-转录组数据鉴定病毒
VIP-转录组数据鉴定病毒
高通量测序方法鉴定病毒，除了采用小RNA测序的方法以外，也可以采用转录组的测序方法。其实两者的思路差不多。以VIP这款软件为例。
VIP 是一个鉴定人类病毒的分析流程，主要支持两种分析模式：
1. 快速模式鉴定已知的病毒：这个模式是将转录组的测序数据与已知的病毒核酸序列进行比对，找到那些reads多，覆盖度高的病毒序列。
2. 精确模式发现新病毒：这个模式是将转录组的序列与病毒的核酸库进行比较，再与病毒的蛋白库进行比较，这样能发现一些蛋白序列保守，但是核酸序列可能差别较大的病毒。
VIP的分析策略图如下：
使用该软件一个几个问题需要说明：
1. 该软件好几年没有更新了，病毒库的建立方法，需要自己参考它提供的脚本进行一定的修改
2. 由于NCBI慢慢淘汰gi 编号，下载下来的病毒序列都是accession ID， 要想采用VIP ，需要将accession id 转换成gi 编号。
- 发表于 2019-03-08 10:07
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- 分类：转录组
