转录组+？分析+？实验=2区文章
随着高通量测序技术的发展，越来越多的研究者或多或少的做了一些测序项目，其中尤以转录组测序类最多。
今天小编就给大家带来一篇2月28日发表在BMC Plant Biology（影响因子3.93，中科院分区二区）上的转录组测序文章。
该文章总的来说是转录组测序分析+荧光定量PCR验证+少量的实验，思路清晰，设计简单，值得借鉴！
本文以银杏为实验材料，在取样之前，作者通过显微镜观察，来确认银杏胚珠花粉室形成过程中的各个阶段，从而确认取样时间点为花粉室形成前和形成后两个时间点，各3个生物学重复，共6个样品用于转录组测序分析。
为了评估样品的生物学重复的可靠性，作者做了PCA分析和相关性分析。
通过差异分析，共筛选出5599个DEGs，其中2533个上调DEGs，3066个下调DEGs。
通过GO分析发现，这些差异基因涉及了17 个biological processes，15个cellular components以及17 个molecular functions。作者进一步分析发现了一些和细胞程序性死亡或者细胞自噬相关的GO条目。
通过KEGG注释分析发现，5599个DEGs共涉及了205个代谢通路，同时作者对这些差异基因做了KEGG富集分析。
根据KEGG注释结果，作者发现了植物激素信号转导途径，该途径一共有72个DEGs，其中大部分参与生长素、细胞分裂素、乙烯、赤霉素等代谢途径。
其中乙烯信号途径是显著富集的KEGG代谢途径之一。作者进一步分析了涉及该信号途径的基因的差异表达情况以及乙烯的含量变化情况。
同时，作者也分析了乙烯信号途径的下游途径，重点分析了和PCD启动以及PCD执行相关的转录因子、酶以及基因。
作者结合Nr注释结果，发现99个DEGs与PCD显著相关，并且这些DEGs参与了不同的PCD过程。
为了进一步研究珠心细胞程序性死亡的调控途径，作者根据拟南芥的同源序列，构建了蛋白互作网络图。
作者挑选了10个上调和14个下调的差异基因进行RT-qPCR的验证，结果表明转录组测序分析结果是合理且准确的。
钙离子细胞定位实验表明：银杏花粉室形成过程中的珠心细胞程序性死亡事件中，钙离子起着调控作用。
最后，作者结合前人的研究进展和自己的实验结果进行了讨论，并提出了在花粉室形成过程中珠心细胞程序性死亡的初步模型。
到这里，这篇转录组文章就完成了，需要文献原文的老师请关注“组学大讲堂”微信公众号，转发该文章至您的朋友圈并截图，然后在公众号对话框内发送截图证明并留言 “银杏” 即可获得原文献！（注意关键词需写全）。
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- 发表于 2019-03-15 09:30
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- 分类：转录组
