做基因家族等分析时，有时候我们想知道蛋白质的分子量、等电点信息以及序列长度等信息。今天，小编教大家如何获取这些信息。

ExPASy ProtParam在线获取

ExPASy ProtParam 是一款在线蛋白质分析软件，它可以计算一个蛋白质序列的各种理化参数，例如氨基酸序列长度、等电点、分子量等等。其用法如下：

输入一条蛋白质序列：

提交后，系统会计算蛋白质序列的各种理化参数并显示出来，而我们需要的信息如下图所示：

perl脚本批量计算

ProtParam 网站一次只能提交一条序列，如果我们的蛋白质序列较少还可以使用，但是序列多的话就不适用了。这就需要一种批量处理的方法，为此我们专门写了一个perl脚本，利用bioperl包里面的方法，批量计算蛋白序列的长度、分子量、等电点信息。

使用方法：

perl  stat_protein_fa.pl  pep.fa  pep.stat.xls

pep.fa ：是输入的蛋白质序列；

pep.stat.xls ：为输出文件。

perl脚本代码如下：

#北京组学生物科技有限公司
#email: huangls@biomics.com.cn

die "perl $0 <in>  <out>" unless(@ARGV==2);
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::SeqStats;
use Bio::Tools::pICalculator;
use Data::Dumper;
#读入序列
my $in = Bio::SeqIO->new(
        -file   => "$ARGV[0]",
        -format => 'Fasta'
);

open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!";
print OUT "#ID\tlength\tMV(Da)\tpI\n";
my $calc = Bio::Tools::pICalculator->new(-places => 2,-pKset => 'EMBOSS');


#逐条读取序列
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
        my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );
        my $weight = Bio::Tools::SeqStats ->get_mol_wt($seq);
        $calc->seq($seq);
    my $iep = $calc->iep;
    print OUT sprintf("%s\t%s\t%s\t%s\n",
                  $seq->id,
                  $seq->length,
                  "$weight->[0]",
                  $iep);
}
$in->close();
close(OUT);

最后祝您科研愉快！

此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：

1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程

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