HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数10个以内该如何发文

HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数该如何发文，家族成员稀少

HKT基因家族介绍

HKT基因家族一类转录因子，在植物生长的过程中运输Na+， K+，维持植物体内Na+和K+的平衡，HKT 基因家族与植物生长发育和胁迫应答相关；HKT基因家族，是一类非常小的家族，通常一个物种中HTK家族成员为个位数，非常的少，如果只分析一个物种中HKT家族基因的话，很多图标由于基因数量太少无法绘制，或者绘制之后很难看，这时候，我们可以在多个物种中同时分析鉴定HKT基因家族成员，从而使我的结果更加丰富。例如下面的这篇文章就是在9个物种中鉴定HKT基因家族成员，完成基因家族分析：

杂志：Ecotoxicology and Environmental Safety
IF： 3.9

HKT基因家族成员在9个物种中的鉴定流程

进化树分析-分类

通过MEGA进行多序列比对，HKT家族成员根据序列相似性分为5大类

基因结构-Motif分析

下图A中结合进化树，还有序列上的motif分布图，B motif基序图，多序列比对图，并且表面不同的motif位置分布，有的基因motif多，有的motif少：

转录组表达验证：

作者转录组数据均来自别人文章中的数据，利用别人的数据发自己的文章，节约不少实验经费，对于经费紧张的科研老师来说值得借鉴：
A： HKT基因在葡萄不同组织中的表达(Fasoliet al., 2012). 不同的基因在不同的组织中表达模式不相同。
B：盐处理后HKT基因响应表达：
高粱不同亚种 Berthomieu et al., 2003;
杨树不同亚种 Garciadeblás et al., 2003

葡萄中QPCR验证胁迫相应表达

在葡萄中，不同时间盐处理HKT基因的响应表达，大多数基因在胁迫处理之后都有相应表达；

总结

验通过HMM模型和CDD结构确定了9个常见物种中的29个HKT基因家族成员。根据系统发育树和保守性分析发现HKT分成五个具有高度保守蛋白质motif的亚科，相同的亚科成员具有相似的序列结构和保守性特征。HKT基因表达和功能验证显示出植物生长发育在盐胁迫下两种截然不同的表达模式，符合了HKT在植物体内两种不同的调控功能的生物学功能的观点。进而通过比较基因组学的方法，深入研究了HKT基因家族的分组分类和保守特性，发掘了该基因家族的功能特征。本研究为HKT在植物生长发育中相关胁迫应答和培育改良抗性品种奠定了理论基础。

参考文献：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0147651319300089