收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解
Metascape网站（http://metascape.org ）是一个能对基因或蛋白质列表进行注释和富集等分析的在线工具，除了传统的GO注释和富集之外还提供的蛋白质互作分析结果，网站基本维持每月更新，确保分析结果及时准确，而用户只需要输入需要分析的基因列表即可完成一键式分析，极大方便了没有编程基础的生物科研工作者。
操作
Metascape的使用非常简单，只需要在对应的位置输入基因或者蛋白列表（见下图），可以直接粘贴也可以导入列表文件，并且网站页面给出了各种案例文件的格式。目前网站接受多种形式的id，包括Entrez Gene ID，RefSeq (RNA and Proteins)， Gene Symbol and aliases，Ensembl (Gene, Transcript, Protein)，UCSC，UniProt。
用户输入需要分析的基因并提交，网站会对提交的基因id进行识别鉴定，之后可以选择分析方式，Express Analysis 包含了常规的分析内容，可以一键式获得分析结果，Custom Analysis 可以对需要分析的项目参数等进行设置，之后再进行分析获取结果，此处以Custom Analysis继续进行介绍。
Custom Analysis 界面会要求设置相关选项，以下图富集设置为例，需要设置富集的相关阈值，要分析的项目(不同的功能选择)，背景基因（Background）等等，设置好符合自身要求的选项，开始进行分析。
完成分析后可以选择进入报告页面，各部分分析结果将以图片形式直观显示，同时可以进行保存。例如：
1、分析完成界面：
2、 报告界面—右上角可以保存所有结果的压缩包：
3、 GO分析结果—可以保存为cys,pdf，web等格式：
4、蛋白质互作分析结果
Metascape除了提供单一基因列表的分析之外，还可以进行多列基因分析，具体可以通过网站使用手册快速学习。总而言之，简单又好用的网站果断收藏！
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- 发表于 2019-05-16 09:31
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- 分类：软件工具
