NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

有时候我们在NCBI上得到基因的gi号,需要知道他的Accession 号,这里给大家一些方法

1.如果gi号较少的话(通常少于1000个),可以用在线的方法转换,例如,将你需要转换的gi号放在id后面,多个用,隔开:

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=663070995,568815587&rettype=acc

上面的链接,直接输入到浏览器当中,就可以下载一个文件,这个文件可以用editplus等文本编辑器打开;结果如下:

NM_001178.5
NC_000011.10

说明:

1)db=nuccore 你需要下载的数据来自: nuccore database 如果你输入的是protein gi号的话需要更改:db=protein

2)id=663070995,568815587 指定GI号,多个gi号用逗号隔开

3)rettype=acc  设定返回的是Accession号;

详情可参照:https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2016/12/06/converting-gi-numbers-to-accession-version/



2.如果是批量的获取gi号与Accession对应关系:


可参照这里:https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2016/12/23/converting-lots-of-gi-numbers-to-accession-version/


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  • 发表于 2019-05-28 17:54
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  • 分类:软件工具

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