bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列，代码示例：
bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列，代码示例：
die "perl $0 <id><fa><OUT>" unless(@ARGV==3);
use Math::BigFloat;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Data::Dumper;
use PerlIO::gzip;
open $FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";
open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";
$in = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI ,
-format => 'Fasta');
$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO ,
-format => 'Fasta');
另一种写法也是可以的：
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Data::Dumper;
use PerlIO::gzip;
open FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";
open FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";
$in = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FI ,
-format => 'Fasta');
$out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FO ,
-format => 'Fasta');
