鉴定domain同时分析蛋白互作
SMART（http://smart.embl.de/）是我们常用来进行domain搜索和蛋白质注释的数据库，它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具，比如可以预测蛋白的一些二级结构：跨膜区（Transmembrane segments）、复合螺旋区（coiled coil regions）、信号肽（Signal peptides）、蛋白结构域（PFAM domains）等。而此前小编刚好给大家介绍过如何进行单序列或者批量domain鉴定（点击了解一下）。其实通过单序列domian的预测也可以获取该蛋白和其他蛋白的互作关系，进而提取出其对应的蛋白质互作网络。
蛋白互作关系获取
SMART数据库进行单序列domain鉴定过程，可以提交蛋白的相关ID或者氨基酸序列（见下图A），而提交之后跳转页面显示出对应的结构域信息，同时还展示了互作关系Interactions。其蛋白互作信息是基于STRING数据库获取，通过输入蛋白，能够判断哪些基因编码的蛋白与该蛋白存在紧密联系。
譬如：以人的ANLN基因编码的蛋白ENSP00000265748（ensembl 蛋白ID）为例输入，获得的互作关系结果见下图B。
ANLN是一个与癌症相关的基因（可戳此了解），输入对应的ID，在domian分析界面选择Interactions将直接显示STRING获取的蛋白互作结果。基于此，单击此区域，可以直接跳转到STRING数据库（见下图），进而了解到完整的互作信息和相关参数设置，并可以将对应的互作网络进行下载。
是不是发现你在进行蛋白质结构预测的同时也能分析它的互作关系了！
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- 发表于 2019-06-13 17:57
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- 分类：软件工具
