技术贴-agriGO简单好用的GO富集网站来一个！
agriGO（http://bioinfo.cau.edu.cn/agriGO/index.php）是一个主要针对植物类以及部分动物的GO分析网站，此外，网站还涉及物种相关的数据可供用户下载。而用户选择的分析包括Singular Enrichment Analysis (SEA)、 PAGE (Parametric Analysis of Gene set Enrichment)、 BLAST4ID (Transfer IDs by BLAST) 、SEACOMPARE (Cross comparison of SEA)等。这里我们就来教大家使用它的主要功能GO富集分析SEA。
富集分析
进行分析的操作非常简单友好，点击上方“Analysis Tool”进入分析界面，选择SEA，此时会根据选定的分析内容显示需要设置的分析选项，SEA的分析界面如下图所示。
各种分析具体概念解释和内容都将在页面的右侧显示，例如SEA分析就是传统的富集分析过程。而选定分析之后要确定分析的物种，在2.Select the species中进行物种设定，具体涵盖网站涉及的45个，同时在对应的输入框中输入正确的基因ID。不同的物种对应的ID类型有所差异，具体可接受的ID类型在网页右侧有明确的的介绍，譬如下图选择拟南芥之后输入的是TAIR locus ID。之后于3.Select reference中设定富集的backgrounds。
富集分析还涉及4.Advanced options（optional）可选设置，该设置并没有直接展示，鼠标左键单击可展示全部内容，主要涉及分析过程中的相关参数和统计方法、阈值的设定（见下调）。此处演示按照默认参数提交分析，点击Submit即可。
分析结果
根据设定完成分析之后，跳转到结果页面（如下图所示），第一部分是对数据和分析的概括，之后是各部分详细分析结果，而每一部分都可选定项目进行绘图。
例如，针对第二部分，可以选择Mollecular Function，设定图片类型PDF、绘图方向、大小后点击Generate Image 即可进入图片界面。选择不同的图片类型，出现的界面可能不一致，有的会直接显示图片，而PDF界面会要求进行PDF下载，打开对应的PDF可以得到完整的GO富集的有向无环图（见下图）。
第三部分统计各类GO注释结果柱状图，操作和第二部分类似。至于第三部分的内容是关于富集分析的详细结果列表，基于此表格可以获得对应的GO term显著性大小，同时可以选中具体的几个GO term绘制图片并下载等等。
是不是确实简单又好用？赶快动手试试吧！
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- 发表于 2019-06-28 14:47
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- 分类：软件工具
