SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式
SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式
我们下载好的SRA数据通常是下图这样的：
然后我们需要把当前文件夹下的所有sra都解压开来！
使用的命令非常简单：
$ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 -O ./ $ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 --gzip -O ./
解压的同时它也会显示每个SRA文件的数据量。
解压后文件如下：
可以看到，每个SRA文件都产生了两个reads，分别是左右两端测序，说明这个SRA文件是双端测序策略。
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- 发表于 2019-07-12 11:57
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- 分类：软件工具
