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R语言“had non-zero exit status”安装报错

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  • 星莓
  • 发布于 2024-03-05 10:53
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在运行R时报错缺失libpcre2-8.so.0这个共享库文件

libpcre2-8.so.0是PCRE（Perl Compatible Regular Expressions）库的一个版本，通常用于支持正则表达式。

R语言按列合并文件，并保持其中一个文件的原有顺序

1.join函数；2.创建新的顺序变量；3.inner_join函数

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  • 星莓
  • 发布于 2024-01-30 17:49
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对水稻做GO和KEGG富集分析，如何获取水稻的数据库？

我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候，需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包

一些常见R代码的报错和解决办法

Error: cannot allocate vector of size X Gb 这种问题尤其在32位R版本中常见，因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中，当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化...

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  • xun
  • 发布于 2024-03-25 14:39
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R语言使用ggraph绘图导出pdf报错——“invalid font type”

使用ggraph绘图，在结果导出pdf的时候报错，不可用的字体类型“invalid font type” 如果继续使用ggsave导出，可以直接载入字体： library(showtext) font_add('Times','/Library/Fonts/T...

R语言ggplot2散点图添加拟合曲线和回归方程

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  • 星莓
  • 发布于 2024-02-23 17:10
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R语言-文件行名重复，对行名重命名

R语言对重复的行名进行重命名操作

R| set.seed()作用使随机结果具有复现性

例如在R语言中，rnorm()函数为随机生成多个随机数，每次使用都会得到不同的结果 > rnorm(3) [1] -2.0235077 0.3552526 0.6239982 > rnorm(3) [1] 1.101044 -1.297740 1.717356 如...

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  • rzx
  • 发布于 2024-02-19 14:26
  • 阅读 ( 1075 )

make Cladogram with microbiomemarker

给大家介绍一个R包用于绘制Cladogram，直接附上代码： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager")}​BiocManager::install("microbiomeMark...

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  • xun
  • 发布于 2023-12-28 11:11
  • 阅读 ( 1008 )

绘制venn图报错Unexpected parameter length for "category"

在进行韦恩图绘制的时候出现报错： 出现这个报错的原因是在输入数据应当是一个有名字的list，要求是这个list中的每个元素都有名字。 venn <- list(A,B,C)names(venn) <- c("A","B",...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-03-01 17:25
  • 阅读 ( 990 )

topGO报错

在r包topgo里面绘制node图的函数是showSigOfNodes()，其中提供的第二个参数不能有0，否则会报错： showSigOfNodes()拆分之后是： sampleGOdata和score(resultKS.elim)是提供给函数的       ...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-22 11:51
  • 阅读 ( 986 )

桑基图绘制

桑基图是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-23 17:49
  • 阅读 ( 954 )

使用compare_means（）t.test进行显著性检验时报错

compare_means（）函数进行t.test时报错——“not enough 'x' observation”

基于 gff 文件构建 TxDb 包

TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的，用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。 如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb （transcript database）包，有两种构建方式，一...

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  • 安生水
  • 发布于 2024-05-15 16:45
  • 阅读 ( 915 )

R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-04-16 15:38
  • 阅读 ( 899 )

使用peer根据表达量数据推断隐藏因子

在做eQTL分析时需要提供隐藏因子作为分析的部分协变量，分析中隐藏因子的引入主要是用来排除影响表达量数据的一些混淆因素，例如样本的采样环境、样本批次、其他位置因素等，这些因素视作分析中的无关因素(即一些无法测量的，但是会影响基因表达的因素)，需要进行预先处理。

使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”

使用BiocManager安装R包时gcc标准报错

R语言中%>% 作用

R语言中%>% 作用

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  • 安生水
  • 发布于 2024-09-02 14:24
  • 阅读 ( 760 )

R语言跑循环，如何跳过报错信息？

当使用循环跑R函数的时候，如果其中某一次循环执行时报错，那么就会中断循环体，并在屏幕上打印出报错信息