Rstuido相关快捷键

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-09-09 19:58
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ggplot2位置调整position

ggplot2 的geom()函数(几何对象)中常涉及图形元素的位置调整position,通过不同的参数调整可以使图片呈现不同的效果,主要的位置调整涉及如下方式: position 描述 dodge 避免重叠,并...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-09-07 15:11
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饼图中添加文字的位置控制-ggplot2(非公式)

介绍不利用公式,而利用geom_bar(position)geom_text(postion)控制饼图文字的添加过程

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-09-05 13:25
  • 阅读 ( 10505 )

ggplot2不同几何对象所能对应的图形属性

不同几何对应所能对应的图形属性设置,以及默认的统计变换形式。 表格如下: geom stat aes geom_abline abine colour,linetype,size geom_area identity colour,fill,linetype...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-31 15:03
  • 阅读 ( 3330 )

ggplot2图片保存

R语言中可以将图片结果保存成pdf或者png,具体涉及两种方法: pdf()和png() 以ggplot2绘图结果: http://www.omicsclass.com/article/92   的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =1...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-23 11:42
  • 阅读 ( 26971 )

ggplot2隐藏图例

这里简单介绍两个隐藏图例的方法 其一利用引导元素guides实现: 譬如借用www.omicsclass.com/article/92 分组柱状图代码: library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E"...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-23 11:30
  • 阅读 ( 20277 )

ggplot2几个主题类型

演示ggplot2几个默认的主题类型,直接套用对应的函数即可 数据参考 http://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  ...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-17 16:33
  • 阅读 ( 4473 )

饼图pie-ggplot2

绘制饼图的过程中,利用ggplot2的geom_bar结合coord_polar实现,需要理解的点是饼图的排布是按照aes(fill)的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat  type Num1    A  902    B  343    C  56...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-17 14:28
  • 阅读 ( 9265 )

R语言-相关性矩阵分析

R语言-相关性计算

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  • 安生水
  • 发布于 2018-08-17 13:56
  • 阅读 ( 5597 )

MA plot 绘图计算公式

MA图主要应用在基因组数据可视化方面,实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据,现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下: M一般做Y轴...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-10 13:20
  • 阅读 ( 11244 )

ggplot2主题theme参数

ggplot2绘图theme参数设置 theme(line, rect, text, title, aspect.ratio, axis.title, axis.title.x,  axis.title.x.top, axis.title.y, axis.title.y.right, axis.text, axis.text.x,  axis....

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-08 17:50
  • 阅读 ( 7177 )

rmvnorm函数生成随机矩阵

借助rmvnorm()生成一个多维正态随机矩阵 安装mvtnorm包 > install.packages("mvtnorm")> library(mvtnorm) 生成随机矩阵x=rmvnorm(n,mean=rep(0,nrow(sigma)),sigma=diag(length(mean)…)...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-25 11:42
  • 阅读 ( 11946 )

eclipse当中R插件StatET安装

StatET是一个eclipse R语言高亮显示插件,可以高亮显示R语言代码。安装之前请在电脑中提前安装好R编译环境。 支持在Eclipse平台上(通过将代码发送到R)运行R代码 支持语法高亮显示 支持使用R代码模板 支持创建R的文档文件(*.Rd) 可以从Eclipse运行R命令

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-18 16:19
  • 阅读 ( 6117 )

删除向量中指定的元素(借助向量中元素索引)

在进行数据处理的过程中,可能会要求删除向量中某个指定的元素,这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成,而获取索引下标可以利用which(),而match()只会返向量中第一次出现的...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-16 18:05
  • 阅读 ( 10018 )

创建有序因子

利用factor() 或者ordered() 两个函数将普通变量转换成有序因子。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-13 17:29
  • 阅读 ( 2026 )

GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载,不过,有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错,可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中: 矩阵文件的基本命名格式...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-06 16:00
  • 阅读 ( 9721 )

R语言绘制维恩图空值NA处理

行数不同的数据读入R,批量去除NA,绘制韦恩图。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-05 16:16
  • 阅读 ( 8471 )

Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色

Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-04 12:02
  • 阅读 ( 9155 )

R语言统计相同ID出现的频率并用ggplot2绘制柱状图

统计相同ID出现的频率,并用ggplot绘制柱状图;

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  • 发布于 2018-07-01 15:46
  • 阅读 ( 9054 )

R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

R语言,按数值范围统计频次,绘制柱状图

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:33
  • 阅读 ( 8879 )