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exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度（表达量）
双通道芯片分析exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-21 13:47
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Daitoue
Illumina microarray未标准化数据分布
不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 17:23
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affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 14:46
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芯片原始数据标准化的几个包的安装
芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 10:38
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分组柱状图添加误差线（位置）--ggplot2
分组柱状图的绘制可以基于ggplot2，具体可以参考: 分组柱状图--ggplot2 。 如何针对分组柱状图添加误差线并合理调整位置呢？主要基于geom_errorbar及其参数position进行细节调整。 譬如基于上...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-04 11:16
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R语言sort()与order()
基于sort()或者order对向量元素排序：返回排序后的向量，后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作（A也可以是数值型)： > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 15:43
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R语言scale()标准化
R语言中scale函数，可以对数据进行处理，标准化（归一化）在一定的范围，比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 14:52
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R语言获取两个数组向量交集与并集
在R语言中如何获取两个向量之间的交集与并集？ 交集可以用intersect 并集可以用union 譬如针对A,B两个向量： > A=LETTERS[1:10]> B=LETTERS[5:15]##交集 > intersect(A,B)[1] "E" ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-16 17:14
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microRNA
VennDiagram各区域信息提取
VennDiagram是进行Venn图绘制的 R包，最多能够绘制五组数据，其中一个主要的绘图函数为venn.diagram() 针对该参数相关的参数调整，可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-09 15:37
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Vennerable包venn返回结果绘图
Vennerable包绘图过程 是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象，该对象是s4 譬如： library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, typ...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-02 15:16
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