对R包的操作（查询、版本、更新等）

R中对包进行操作的命令很多，涉及从包的安装、查询、更新、卸载等等。这里介绍几个常见的操作

• 0
• 1
• Daitoue
• 发布于 2018-10-24 16:01
• 阅读 ( 15994 )

plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）

前面两篇文章介绍到pheatmap返回行和列的hclust结果： pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息）  http://www.omicsclass.com/article/507 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分 ...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-10-19 15:44
• 阅读 ( 7771 )

cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分

此前给大家介绍过pheatmap聚类后的矩阵数据重排：http://www.omicsclass.com/article/507 其中给大家介绍到了pheatmap返回结果是一个列表，其中包括行列聚类的返回结果，而这一结果又是基于hcl...

• 2
• 3
• Daitoue
• 发布于 2018-10-19 14:53
• 阅读 ( 16236 )

pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息）

pheatmap是一个热图绘制的R包，全称pretty heatmap。利用的绘图函数是pheatmap()，对应的数据则是一个数值矩阵，譬如基于如下的矩阵10X6： > mat              CK-WT-1      CK-WT-2     ...

• 0
• 1
• Daitoue
• 发布于 2018-10-19 14:23
• 阅读 ( 11137 )

采用traceback 进行R语言报错信息的调试

采用traceback 进行R语言报错信息的调试

• 0
• 0
• microRNA
• 发布于 2018-10-18 20:54
• 阅读 ( 5645 )

ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射

此前在相关文章中详细介绍了关于geom_point 在设定shape时可以进行多少设置，每种出现的结果： http://www.omicsclass.com/article/475 区别与点shape设定，点的shape 映射必须转化成因子，连...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-10-12 15:07
• 阅读 ( 6793 )

ggplot2点图geom_point中点的shape有多少？

ggplot2可以利用geom_point绘制散点图，而点的形状控制参数shape会显示多少效果呢？(注意此处只介绍shape的设定，不是aes(shape)映射） 可以通过查询?shape 获得以下内容： # Shape exampl...

• 0
• 1
• Daitoue
• 发布于 2018-09-30 16:59
• 阅读 ( 26950 )

ggplot2控制坐标轴截距交点位置（原点）

ggplot2绘图结果往往X轴和Y轴的交点往往不是原点：譬如下图y轴就不是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expa...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-09-21 17:05
• 阅读 ( 17285 )

ggplot2控制百分比坐标

在利用ggplot2绘图过程中常会要求Y轴显示为百分比类型，需要借助包scales 和ggplot2中的函数scale_y_continuous（labels）来控制 譬如绘制相关百分比或者密度频率等类型的图片时可以将对应的...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-09-21 15:58
• 阅读 ( 9916 )

ggplot2-气泡图（控制点的大小范围）

Pathway富集结果常用气泡图来显示，其基本代码如下： 案例数据： > dat     ko_id                                Kegg_pathway Rich_factor       Pvalue DEGs1  ko00195               ...

• 1
• 2
• Daitoue
• 发布于 2018-09-21 15:04
• 阅读 ( 22680 )

直方图---ggplot2（每组内添加对应的count 或者density文本标签）

利用ggplot2绘制直方图，基于几何对象geom_histogram()函数 geom_histogram(mapping = NULL, data = NULL, stat = "bin", position = "stack", ..., binwidth = NULL, bins = NULL, na.rm =...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-09-14 00:08
• 阅读 ( 17440 )

ggplot2图例位置legend.position调整

ggplot2绘图过程种，控制图例在图中的位置利用theme(legend.position）参数 该参数对应的设置如下： legend.positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or...

• 0
• 1
• Daitoue
• 发布于 2018-09-13 18:19
• 阅读 ( 37082 )

Rstuido相关快捷键

部分Rstudio快捷键 Ctrl - o 打开文件 Ctrl - Shift - C 取消注释或注释当前选定区域 Ctrl - f 查找搜索 Ctrl - = 查找替换

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-09-09 19:58
• 阅读 ( 2558 )

ggplot2位置调整position

ggplot2 的geom()函数（几何对象）中常涉及图形元素的位置调整position，通过不同的参数调整可以使图片呈现不同的效果，主要的位置调整涉及如下方式： position 描述 dodge 避免重叠，并...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-09-07 15:11
• 阅读 ( 11934 )

饼图中添加文字的位置控制-ggplot2（非公式）

介绍不利用公式，而利用geom_bar(position)geom_text（postion)控制饼图文字的添加过程

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-09-05 13:25
• 阅读 ( 10507 )

ggplot2不同几何对象所能对应的图形属性

不同几何对应所能对应的图形属性设置，以及默认的统计变换形式。 表格如下： geom stat aes geom_abline abine colour,linetype,size geom_area identity colour,fill,linetype...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-08-31 15:03
• 阅读 ( 3331 )

ggplot2 笛卡尔坐标系x、y轴互换

利用ggplot2进行x、y坐标轴互换只需借助coord_flip()即可，譬如，以ggplot2绘图代码 http://www.omicsclass.com/article/92   为例，添加一个坐标互换函数，实现互换 library('ggplot2')libr...

• 1
• 1
• Daitoue
• 发布于 2018-08-24 13:40
• 阅读 ( 12711 )

ggplot2图片保存

R语言中可以将图片结果保存成pdf或者png，具体涉及两种方法： pdf()和png() 以ggplot2绘图结果： http://www.omicsclass.com/article/92   的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =1...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-08-23 11:42
• 阅读 ( 26973 )

ggplot2隐藏图例

这里简单介绍两个隐藏图例的方法 其一利用引导元素guides实现： 譬如借用www.omicsclass.com/article/92 分组柱状图代码： library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E"...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-08-23 11:30
• 阅读 ( 20277 )

ggplot2几个主题类型

演示ggplot2几个默认的主题类型，直接套用对应的函数即可 数据参考 http://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  ...

• 0
• 0
• Daitoue
• 发布于 2018-08-17 16:33
• 阅读 ( 4473 )