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饼图pie-ggplot2

绘制饼图的过程中，利用ggplot2的geom_bar结合coord_polar实现，需要理解的点是饼图的排布是按照aes(fill）的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat  type Num1    A  902    B  343    C  56...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-17 14:28
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R语言-相关性矩阵分析

R语言-相关性计算

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  • 安生水
  • 发布于 2018-08-17 13:56
  • 阅读 ( 5597 )

堆叠柱状图-ggplot2

绘制堆叠柱状图，重点重点在于geom_bar中postion="stack"， 数据参考：http://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-17 10:12
  • 阅读 ( 15264 )

R 语言colors()657种颜色

R进行绘图多会涉及颜色搭配问题，利用colors()可以获得R种的657种颜色名称。 head(colors(),20) [1] "white"         "aliceblue"     "antiquewhite"  "antiquewhite1" [5] "antiquewhite2" "...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-10 14:29
  • 阅读 ( 13912 )

MA plot 绘图计算公式

MA图主要应用在基因组数据可视化方面，实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下： M一般做Y轴...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-10 13:20
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ggplot2分面facet_grid调整坐标

ggplot2分面设置facet_grid实现一页多图 facet_grid(facets, margins = FALSE, scales = "fixed", space = "fixed",  shrink = TRUE, labeller = "label_value", as.table = TRUE,  switch = N...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-09 15:01
  • 阅读 ( 12656 )

ggplot2主题theme参数

ggplot2绘图theme参数设置 theme(line, rect, text, title, aspect.ratio, axis.title, axis.title.x,  axis.title.x.top, axis.title.y, axis.title.y.right, axis.text, axis.text.x,  axis....

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-08 17:50
  • 阅读 ( 7179 )

R语言文件目录操作

R语言对目录和文件的基本操作方法

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-08-01 15:56
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rmvnorm函数生成随机矩阵

借助rmvnorm()生成一个多维正态随机矩阵 安装mvtnorm包 > install.packages("mvtnorm")> library(mvtnorm) 生成随机矩阵x=rmvnorm(n,mean=rep(0,nrow(sigma)),sigma=diag(length(mean)…)...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-25 11:42
  • 阅读 ( 11947 )

eclipse当中R插件StatET安装

StatET是一个eclipse R语言高亮显示插件，可以高亮显示R语言代码。安装之前请在电脑中提前安装好R编译环境。 支持在Eclipse平台上（通过将代码发送到R）运行R代码 支持语法高亮显示 支持使用R代码模板 支持创建R的文档文件(*.Rd) 可以从Eclipse运行R命令

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-18 16:19
  • 阅读 ( 6118 )

Rstudio 防止中文乱码（保存与显示）

为了防止代码文件出现中文乱码，一般在Rstudio中，都要求将文件保存为UTF-8格式，同时打开显示也要求以UTF-8格式进行显示，相应的设置方法如下： 保存文件： 进入Tools——Global Options，选...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-17 11:57
  • 阅读 ( 18867 )

删除向量中指定的元素（借助向量中元素索引）

在进行数据处理的过程中，可能会要求删除向量中某个指定的元素，这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成，而获取索引下标可以利用which()，而match()只会返向量中第一次出现的...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-16 18:05
  • 阅读 ( 10019 )

创建有序因子

利用factor() 或者ordered() 两个函数将普通变量转换成有序因子。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-13 17:29
  • 阅读 ( 2026 )

ggplot2 绘图 离散型颜色选择 ColorBrewer

利用ggplot2绘图 scale_fill_brewer() 或者scale_color_brewer() 会使用到ColorBrewer 配色。可以利用相关的命令查看改配色方案。 library(ggplot2)RColorBrewer::display.brewer.all() 通...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-13 16:53
  • 阅读 ( 5087 )

GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载，不过，有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错，可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中： 矩阵文件的基本命名格式...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-06 16:00
  • 阅读 ( 9723 )

R语言绘制维恩图空值NA处理

行数不同的数据读入R，批量去除NA，绘制韦恩图。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-05 16:16
  • 阅读 ( 8473 )

Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色

Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-04 12:02
  • 阅读 ( 9156 )

统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

R统计不同差异组合，上下调基因个数；并用ggplot2绘制柱状图。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-03 14:02
  • 阅读 ( 11588 )

R语言统计相同ID出现的频率并用ggplot2绘制柱状图

统计相同ID出现的频率，并用ggplot绘制柱状图；

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:46
  • 阅读 ( 9054 )

R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

R语言，按数值范围统计频次，绘制柱状图

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:33
  • 阅读 ( 8881 )