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蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

简介： MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，免费使用，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据格式（.raw、.wiff、.mzML、.mzxml）。且内置了自己的肽段搜索引擎-...

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-26 11:52
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代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

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  • 安生水
  • 发布于 2024-01-30 17:59
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转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

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  • 安生水
  • 发布于 2024-04-01 11:36
  • 阅读 ( 3868 )

使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272     ...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-11 18:13
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cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。

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  • rzx
  • 发布于 2024-04-30 17:41
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序列的提取和截取

序列的提取是我们生物学分析的基础操作，在许多分析中都会使用到。在这里给大家提供几个提取序列的命令。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-05 14:27
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ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具，它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网：https...

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-14 15:13
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Windows里MaxQuant下载与安装

MaxQuant网址：https://www.maxquant.org/

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  • rzx
  • 发布于 2024-06-19 17:02
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windows安装Aspera Connect软件

windows安装Aspera Connect软件

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-22 17:29
  • 阅读 ( 2245 )

探索基因大数据的利器——SRA Explorer

探索基因大数据的利器——SRA Explorer

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  • 安生水
  • 发布于 2024-05-08 15:19
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如何预测CpG岛

在人类基因组的广袤海洋中，隐藏着许多生物学上重要的结构，其中之一就是CpG岛。这些富含CpG二核苷酸的DNA序列区域在基因表达调控中扮演着关键角色。然而，要想有效地理解这些岛屿的功能，首先...

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  • 安生水
  • 发布于 2024-06-04 14:44
  • 阅读 ( 1989 )

NCBI 基因组文件下载——datasets

datasets和dataformat是NCBI的命令行（Command line tools）工具，datasets可以下载ncbi上的生物数据，dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-04-24 16:52
  • 阅读 ( 1958 )

在Windows系统中安装并使用seqkit工具

seqkit软件介绍： Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。 下载链接：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式： 1. 点...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-19 17:01
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火山云 | tos:// 数据下载 | windows/linux下载方式

01：windows | 通过 共享链接 登录 TOS Browser 软件（版本> v1.7.0）下载 01-1:在本地电脑下载TOS Browser 软件，安装包网址：https://www.volcengine.com/docs/6349/148777 01-2：双击...

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  • rzx
  • 发布于 2024-08-01 11:34
  • 阅读 ( 1936 )

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

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  • 安生水
  • 发布于 2024-02-22 17:33
  • 阅读 ( 1360 )

甲基化水平如何计算

甲基化水平如何计算

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  • 安生水
  • 发布于 2024-07-11 09:51
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HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本： hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-07 10:12
  • 阅读 ( 1239 )

vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

fa最新版vscode登录时会报错,因为一些系统基础软件版本太低了,所以如果不想回退版本,就需要更新一下 ▶ ldd --version #来看一眼自己的glibc版本 ldd (GNU libc) 2.37 Copyright (C) 2023...

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  • xun
  • 发布于 2024-02-02 14:24
  • 阅读 ( 1239 )

qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度

qsub全称为”Queue Submitter”，是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中，等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-06-26 17:54
  • 阅读 ( 1158 )

htop查看程序的io占用

传统的top大家都用的很多,但是top里不会显示磁盘io,而在我们服务器里,磁盘高io往往才是程序运行的瓶颈 新版 的htop新增了io 的查看,读写过高对应选项会变成红色,方便我们查看,除此之外htop还有...

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  • xun
  • 发布于 2024-04-25 11:03
  • 阅读 ( 1156 )