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SRA 数据库, 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据,来自四个测序平台,分别为:Roche_LS454,Illumina,ABI_SOLID和HELICOS。
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MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件,在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候,大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。
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SMART通过单序列domian的预测也可以获取该蛋白和其他蛋白的互作关系,进而提取出其对应的蛋白质互作网络。