软件工具 - 文章 - 第2页 - 组学大讲堂问答社区

蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

简介： MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，免费使用，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据格式（.raw、.wiff、.mzML、.mzxml）。且内置了自己的肽段搜索引擎-...

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rzx
发布于 2024-06-26 11:52
阅读 ( 3833 )

Windows里MaxQuant下载与安装

MaxQuant网址：https://www.maxquant.org/

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rzx
发布于 2024-06-19 17:02
阅读 ( 2199 )

ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具，它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网：https...

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rzx
发布于 2024-06-14 15:13
阅读 ( 2191 )

gtfToGenePred报错

使用gtfToGenePred的命令和报错： gtfToGenePred -genePredExt Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...

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Ti Amo
发布于 2024-06-13 11:47
阅读 ( 614 )

序列的提取和截取

序列的提取是我们生物学分析的基础操作，在许多分析中都会使用到。在这里给大家提供几个提取序列的命令。

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Ti Amo
发布于 2024-06-05 14:27
阅读 ( 2102 )

如何预测CpG岛

在人类基因组的广袤海洋中，隐藏着许多生物学上重要的结构，其中之一就是CpG岛。这些富含CpG二核苷酸的DNA序列区域在基因表达调控中扮演着关键角色。然而，要想有效地理解这些岛屿的功能，首先...

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安生水
发布于 2024-06-04 14:44
阅读 ( 1661 )

VScode文档列对齐插件-code alignment

一款VScode中文档列对齐的插件

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每天学习一点点
发布于 2024-05-29 11:56
阅读 ( 691 )

探索基因大数据的利器——SRA Explorer

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安生水
发布于 2024-05-08 15:19
阅读 ( 1937 )

cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。

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rzx
发布于 2024-04-30 17:41
阅读 ( 2741 )

htop查看程序的io占用

传统的top大家都用的很多,但是top里不会显示磁盘io,而在我们服务器里,磁盘高io往往才是程序运行的瓶颈新版的htop新增了io 的查看,读写过高对应选项会变成红色,方便我们查看,除此之外htop还有...

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xun
发布于 2024-04-25 11:03
阅读 ( 1045 )

NCBI 基因组文件下载——datasets

datasets和dataformat是NCBI的命令行（Command line tools）工具，datasets可以下载ncbi上的生物数据，dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...

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Ti Amo
发布于 2024-04-24 16:52
阅读 ( 1799 )

转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

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安生水
发布于 2024-04-01 11:36
阅读 ( 3548 )

GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”

报错在利用GATK进行markdup和variant calling的时候出现报错：报错的主要信息用红框框出了，错误信息是：错误为发生JNI错误，请检查安装并重试。出现报错的原因： 1. javac与java版本...

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Ti Amo
发布于 2024-03-25 11:54
阅读 ( 924 )

windows安装Aspera Connect软件

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安生水
发布于 2024-03-22 17:29
阅读 ( 1915 )

在Windows系统中安装并使用seqkit工具

seqkit软件介绍： Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。下载链接：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式： 1. 点...

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rzx
发布于 2024-03-19 17:01
阅读 ( 1733 )

bcftools创建vcf索引失败

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安生水
发布于 2024-03-18 13:44
阅读 ( 721 )

GFF或GTF格式转bed

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安生水
发布于 2024-03-14 14:02
阅读 ( 1000 )

使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...

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rzx
发布于 2024-03-11 18:13
阅读 ( 3476 )

HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本： hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...