motif分析及meme的各项参数

motif分析及meme的各项参数

将fasta序列多行变单行——使用 awk 或 seqkit 或 python

fasta序列多行变单行

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-26 16:03
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使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-26 14:48
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win11/win10安装最新版本的docker

win11安装docker

BWA比对及Samtools提取mapped reads

筛选出能比对到参考序列的reads,形成新的fastq文件

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-20 14:27
  • 阅读 ( 5981 )

GenomicsDBImport 的多样本变异检测

GenomicsDBImport 的多样本变异检测

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-19 10:59
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ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables 解决方法

ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables 解决方法

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-12 14:49
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pfam数据库被合并之后,还有很多数据库可以进行结构域的查询

pfam数据库被合并之后,还有很多数据库可以进行结构域的查询

NCBI下载SRR并转换为fastq文件

想下载该篇文献中某一样品的fastq原始数据,看了一些下载教程,方法各异,看完思路还是不清晰,以下记录我的操作步骤,仅供参考

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-09 11:56
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pip报错

出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual envir...

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  • xun
  • 发布于 2022-12-05 16:42
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MySQL报错:ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock'

MySQL报错:ERROR 2002 (HY000)

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-05 14:09
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interpro 查询结构域

interpro 查询结构域

uniref50 数据库下载及格式化

uniref50 数据库下载及格式化

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-11-29 10:42
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singularity运行fastqc报错OutOfMemoryError

比如在singularity中运行: singularity exec /share/singularity_images/reseq_v1.2.sif fastqc $datadir/*.gz  -o $workdir/1.fastqc 可能报错: 可以加一个-t选项,多线程运行,如下图,...

Pheatmap绘制多分组热图

Pheatmap绘制多分组热图

seqkit序列处理神器的常用命令

seqkit是一个序列处理神器,有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令,详细内容如下

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  • 星莓
  • 发布于 2022-11-18 17:22
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名额有限-组学大讲堂共享云服务器开售了!

组学大讲堂云共享服务器上线!

duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序,用于基因分类,统计全基因组不同类型复制事件的数目。 命令行格式: $duplicate_gene_classifier Dl Dl是物种缩写,是Dl.blast文件。在运...

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  • rzx
  • 发布于 2022-11-16 14:00
  • 阅读 ( 3442 )

hmmer之hmmbuild用法

hmmer之hmmbuild用法