vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

gatk报错 An index is required but was not found for file drivingVariantFile。 bcftools报错 index: the file is not BGZF compressed, cannot index

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  • 星莓
  • 发布于 2023-12-05 10:01
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叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-29 10:51
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circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

circos圈图绘制时所有的修改参数都是基于配置文件config.txt。 想要让不同染色体之间区块显示不同颜色。可以修改config.txt中rule参数: <link> #全基因组共线性     bezier_radius=0r...

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  • rzx
  • 发布于 2023-11-22 11:41
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GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序

打开GeneDoc软件,输入序列之后,序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图: 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话,应选择菜单栏中“Sequence List”选项,如图【S】: 在弹出界面选择<Sort...

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  • rzx
  • 发布于 2023-11-16 14:49
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BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

问题: 在用BWA进行序列比对时出现:[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-11-16 13:49
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seqkit计算基因组大小

seqkit计算基因组大小

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  • 安生水
  • 发布于 2023-11-08 10:21
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数据分析代码2__用法

代码介绍

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  • xun
  • 发布于 2023-10-31 17:32
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TGS-gapcloser 安装与使用

基因组组装过程中会得到草图的scaffold,需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的,一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-30 17:19
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Unicycler二代、三代混合组装

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-26 14:31
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RagTag:同源锚定延伸

RagTag是一个集合功能的软件可以用来构建scaffold、提升基因组组装质量

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-25 13:35
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绘制HIC热图

绘制HIC热图

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  • 安生水
  • 发布于 2023-10-25 10:42
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Bowtie2使用方法与参数详细介绍

对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8...

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  • rzx
  • 发布于 2023-10-18 17:58
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近期常用命令记录——比对并提取fq,ncbi下载并转化为fq,序列提取等

记录近期常用命令

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-18 13:37
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R包 CandiHap 进行单倍型分析

CandiHap是一款应用于全基因组关联分析(GWAS)后,快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因,或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析,发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。

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  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-16 15:30
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使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

报错:Caused by: java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type

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  • rzx
  • 发布于 2023-10-13 10:53
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叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释, 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-10-11 15:30
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运行Linux版本ProteoWizard中的chainsaw工具时报错

chainsaw工具,用于预测蛋白序列的酶切结果 运行命令: chainsaw test.fasta 报错: locale::facet::_S_create_c_locale name not valid 解决: 在当前环境中运行命令 export LC_ALL=C;...

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  • rzx
  • 发布于 2023-09-27 15:02
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EndHiC绘制HIC热图

EndHiC绘制HIC热图

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  • 安生水
  • 发布于 2023-09-26 17:25
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GATK报错:Could not find walker with name: VariantFiltration

在使用GATK软件的时候出现报错 命令行: /share/work/biosoft/java/latest/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=/share/nas5/renzx/project/zx-20230821-248_noref_...

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  • rzx
  • 发布于 2023-09-21 14:57
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Seqkit,一款好用的蛋白质翻译软件

使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换