GSEA分析需要的文件及格式
在作芯片数据或者是转录组数据的GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件； 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即...
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- landy
- 发布于 2018-06-14 15:11
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landy
绘制基因结构图软件GSDS使用过程中图片的修改问题
在使用GSSE绘制基因结构或者是顺势作用元件时，如果图例太多，在网页展示不出来，这个时候你需要对图片进行修改.增大背景画布就可以显示了，点击下图红色箭头所指按钮，进入到图片编辑界面: 拉...
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- landy
- 发布于 2018-06-14 14:48
- 阅读 ( 11423 )
一个预测基因保守结构域网站
今天跟大家分享一个分析蛋白保守结构域的的网站： 网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 在上图的方框导入蛋白序列，点击submit，就开始运行，结果如下图所示： 这个网站不仅分析了蛋白的保...
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- landy
- 发布于 2018-06-08 18:06
- 阅读 ( 14640 )
如何快速获取多条序列长度信息
如何快速知道你的多个序列的长度呢？这里还是分享一个虚拟机的bio-linux的工具，samtools。命令行格式：samtools faidx xulie.fa(你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件，也是就是在...
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- landy
- 发布于 2018-05-11 11:31
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生信老顽童
Trinity报错“Error, not recognizing read name formatting”
在使用trinity做de novo的时候，发现软件报错了
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- 每天学习一点点
- 发布于 10小时前
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每天学习一点点
hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)
hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)
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- 安生水
- 发布于 2024-12-11 15:15
- 阅读 ( 76 )
安生水
linux 编码转换
在linux里面编辑二进制文件有以下两种方法： 1. vim 打开二进制文件： vim -b 文件 将内容转换成16进制： :%!xxd 转换回来： :%!xxd -r 2. iconv # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-12-03 14:56
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Ti Amo
annovar的染色体识别问题
如果是非数字形式的染色体编号（尤其是其中有特殊字符），annovar的注释可能会有问题，需要改成数字格式
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-11-22 10:02
- 阅读 ( 136 )
seqkit | 对fa序列文件中序列长度进行筛选
seqkit seq -m 50 XX.fa > XX1.fa 将XX.fa文件中序列长度低于50的序列删除
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- rzx
- 发布于 2024-11-19 19:01
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rzx
TWAS分析的原理和工具
TWAS（Transcriptome-wide Association Study）是一种用于研究基因表达和疾病之间关系的方法，通过对全基因组的基因表达数据进行统计分析，以识别与特定疾病或性状相关的基因表达变异。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-11-12 17:29
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HiC-Pro 报错检索解决
报错： 运行HiC-Pro的时候出现报错： 去看log文件发现： 只能知道是在比对的step1就出现了问题。 问题查找： 此时我们需要去HiC-Pro的scripts文件夹下面去查看Makefile这个文件，看一...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-10-28 15:12
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perl报错：symbol lookup error: xxxxx: undefined symbol: Perl_xs_handshake
glimmhmm是一个基因从头预测的软件，他的运行需要先训练模型再预测基因 报错： 运行trainGlimmerHMM的时候出现报错”undefined symbol: Perl_xs_handshake“ 问题： per调用的lib里面没有相关...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-10-22 13:55
- 阅读 ( 292 )
ifconfig不显示ip
如题,在ifconfig的时候如果没有出现IP地址,同时确保自己网络连接没问题 nmcli con show NAME UUID TYPE DEVICE eno1 1377a295-708b-4cb4-a1cb-0...
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- xun
- 发布于 2024-10-10 15:57
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xun
SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”
SRA Toolkit 是一套由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 开发的软件工具，用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-09-09 16:31
- 阅读 ( 403 )
pfamscan程序-translate和python的translate冲突问题
pfamscan程序-translate和python的translate冲突
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- Ti Amo
- 发布于 2024-08-27 16:44
- 阅读 ( 449 )
