软件工具 - 推荐的文章 - 第9页 - 组学大讲堂问答社区

MITE_Hunter 第六步报错 aln not exits

MITE属于II类非自主转座因子，可以使用MITE_Hunter进行检测，MITE_Hunter的运行一共有8步。 1. 报错信息在运行第六步（-S 6）的时候出现报错： 2. 报错原因发现第六步执行：在MITE_...

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Ti Amo
发布于 2024-08-05 10:36
阅读 ( 501 )

火山云 | tos:// 数据下载 | windows/linux下载方式

01：windows | 通过共享链接登录 TOS Browser 软件（版本> v1.7.0）下载 01-1:在本地电脑下载TOS Browser 软件，安装包网址：https://www.volcengine.com/docs/6349/148777 01-2：双击...

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rzx
发布于 2024-08-01 11:34
阅读 ( 1523 )

甲基化水平如何计算

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安生水
发布于 2024-07-11 09:51
阅读 ( 1118 )

qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度

qsub全称为”Queue Submitter”，是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中，等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...

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Ti Amo
发布于 2024-06-26 17:54
阅读 ( 1033 )

蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用

简介： MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，免费使用，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据格式（.raw、.wiff、.mzML、.mzxml）。且内置了自己的肽段搜索引擎-...

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rzx
发布于 2024-06-26 11:52
阅读 ( 3840 )

ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具，它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网：https...

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rzx
发布于 2024-06-14 15:13
阅读 ( 2193 )

gtfToGenePred报错

使用gtfToGenePred的命令和报错： gtfToGenePred -genePredExt Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...

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Ti Amo
发布于 2024-06-13 11:47
阅读 ( 615 )

序列的提取和截取

序列的提取是我们生物学分析的基础操作，在许多分析中都会使用到。在这里给大家提供几个提取序列的命令。

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Ti Amo
发布于 2024-06-05 14:27
阅读 ( 2106 )

如何预测CpG岛

在人类基因组的广袤海洋中，隐藏着许多生物学上重要的结构，其中之一就是CpG岛。这些富含CpG二核苷酸的DNA序列区域在基因表达调控中扮演着关键角色。然而，要想有效地理解这些岛屿的功能，首先...

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安生水
发布于 2024-06-04 14:44
阅读 ( 1664 )

VScode文档列对齐插件-code alignment

一款VScode中文档列对齐的插件

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每天学习一点点
发布于 2024-05-29 11:56
阅读 ( 693 )

探索基因大数据的利器——SRA Explorer

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安生水
发布于 2024-05-08 15:19
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htop查看程序的io占用

传统的top大家都用的很多,但是top里不会显示磁盘io,而在我们服务器里,磁盘高io往往才是程序运行的瓶颈新版的htop新增了io 的查看,读写过高对应选项会变成红色,方便我们查看,除此之外htop还有...

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xun
发布于 2024-04-25 11:03
阅读 ( 1045 )

NCBI 基因组文件下载——datasets

datasets和dataformat是NCBI的命令行（Command line tools）工具，datasets可以下载ncbi上的生物数据，dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...

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Ti Amo
发布于 2024-04-24 16:52
阅读 ( 1801 )

转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

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安生水
发布于 2024-04-01 11:36
阅读 ( 3553 )

GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”

报错在利用GATK进行markdup和variant calling的时候出现报错：报错的主要信息用红框框出了，错误信息是：错误为发生JNI错误，请检查安装并重试。出现报错的原因： 1. javac与java版本...

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Ti Amo
发布于 2024-03-25 11:54
阅读 ( 924 )

windows安装Aspera Connect软件

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安生水
发布于 2024-03-22 17:29
阅读 ( 1921 )

bcftools创建vcf索引失败

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安生水
发布于 2024-03-18 13:44
阅读 ( 721 )

GFF或GTF格式转bed

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安生水
发布于 2024-03-14 14:02
阅读 ( 1001 )

使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...

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rzx
发布于 2024-03-11 18:13
阅读 ( 3479 )

HISAT2比对时报错|(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

我有12个样本在进行HISAT2比对时有3个样本出现报错(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL) 运行脚本： hisat2 -p 10 --rg-id=L2 --rg SM:L2 --rg LB:L2 --rg PL:ILLUMINA -x iwgsc_re...