安生水
qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度
qsub全称为”Queue Submitter”，是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中，等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-06-26 17:54
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Ti Amo
蛋白质组学数据定量搜库 | MaxQuant软件的使用
简介： MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，免费使用，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据格式（.raw、.wiff、.mzML、.mzxml）。且内置了自己的肽段搜索引擎-...
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- rzx
- 发布于 2024-06-26 11:52
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rzx
ProteoWizard工具的安装与使用
ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具，它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网：https...
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- rzx
- 发布于 2024-06-14 15:13
- 阅读 ( 2233 )
gtfToGenePred报错
使用gtfToGenePred的命令和报错： gtfToGenePred -genePredExt Drosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf refFlat.tmp.txtDrosophila_melanogaster.BDGP6.46.57.gtf (GFF not supported by t...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-06-13 11:47
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每天学习一点点
cytoscape软件的安装与使用_v3.10.2
Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。
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- rzx
- 发布于 2024-04-30 17:41
- 阅读 ( 2786 )
htop查看程序的io占用
传统的top大家都用的很多,但是top里不会显示磁盘io,而在我们服务器里,磁盘高io往往才是程序运行的瓶颈 新版 的htop新增了io 的查看,读写过高对应选项会变成红色,方便我们查看,除此之外htop还有...
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- xun
- 发布于 2024-04-25 11:03
- 阅读 ( 1060 )
xun
NCBI 基因组文件下载——datasets
datasets和dataformat是NCBI的命令行（Command line tools）工具，datasets可以下载ncbi上的生物数据，dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o d...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-04-24 16:52
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转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo
转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo
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- 安生水
- 发布于 2024-04-01 11:36
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GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”
报错 在利用GATK进行markdup和variant calling的时候出现报错： 报错的主要信息用红框框出了，错误信息是：错误为发生JNI错误，请检查安装并重试。 出现报错的原因： 1. javac与java版本...
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- Ti Amo
- 发布于 2024-03-25 11:54
- 阅读 ( 933 )
在Windows系统中安装并使用seqkit工具
seqkit软件介绍： Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。 下载链接：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式： 1. 点...
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- rzx
- 发布于 2024-03-19 17:01
- 阅读 ( 1768 )
使用bcftools文件提取vcf文件子集
1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ...
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- rzx
- 发布于 2024-03-11 18:13
- 阅读 ( 3499 )
