多基因间共线性及局部基因水平的共线性
eclipse下搭建shell脚本编辑器--安装开发shell的eclipse插件shelled
有时候,常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组,比如ensembl,JGI上都没有,这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组;但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整,而且基因和染色体编号都会重新命名,用起来很麻烦;所以除非迫不得已,一般不建议从NCBI上下载参考基因组;
mcsan结果文件说明
三个基因组共线性分析
hmmsearch寻找相似序列
使用fastp软件对fastq文件进行剪切
Bowtie2使用方法与参数介绍
HGMD人类变异数据库ANNOVAR注释使用
vt安装
详细介绍如何利用iTOL在进化树中用颜色体现样品分组信息。
安捷伦外显子捕获
绘制柱状图,Y周断裂方法设置
利用MeV绘制热图,方法可参考: http://www.omicsclass.com/article/263 其中对热图颜色模式进行修改主要在Display中完成,具体可以通过Display-->Color Scheme 进行(见下图): Gree...
iTOL查看进化树中节点ID
Excel是一款非常强大的电子表格软件,而其图表工具,基本上每一个科研狗都用它画过图。在Excel内,作为矢量图的数据图表可以随意放大缩小,但但是是……作为Excel数据图表没有办法直接保存,更不...
在线格式转换软件
系统发育树也称为系统发生树、聚类树或者进化树。它以树状结构表示各个节点的进化和亲缘关系,枝点可以是物种和基因等,在系统发育分析、基因家族和物种进化分析中经常会看到此类图片。
samtools tview 可视化查看比对结果