MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件,在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候,大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。
我们作比对时经常用到blast,其比对结果一般都用m8格式(即参数是 -m 8,blast+是 -outfmt 6),但是结果文件中是没有表头的,这里来写一下。
你可以对基因进行功能注释,分析其功能分类以及相关的通路信息,你也能分析基因的表达谱数据,但是你知道如何将二者进行结合吗?在功能分类或者通路图上显示出基因的表达数据?有一个工具可以做...
科研作图也需要会使用Adobe illustrator和Photoshop,用好了这两个软件也会使你的文章配图增色不少,甚至事半功倍。
配置JAVA环境,运行java程序
meme软件中的fimo程序可以查找指定序列中的motif结合位点,这里介绍一下他的在线版用法。
手把手教你多个基因组共线性作图。
在线GO富集分析
MCScan安装与共线性分析练习
在刚开始按官网教程(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/)学习使用blast时,经常会遇到程序报错
BLAST+是使用非常广泛的序列比对软件,有NCBI提供
之前在做dcaps标记,开始只找到网站版的软件,后来发现一个不错的脚本软件——SNP_Primer_Pipeline
文章投稿,除了文好当然还要“颜好”!在这个看脸的世界,为了给文章加分,各位老师学生也是做足功课了!但是不会编程敲代码?——那必须学学各种绘图小工具了。 热图是属于生命科学类型文章中非常...
快速绘制DNA Logo
当我们测序得到的fastq文件map到基因组之后,会得到一个以SAM或Bam为扩展名的文件。这里将详细介绍SAM和Bam文件!
endnote 文献插入出现大括号,不自动更新解决办法
搭建自己的生信编程环境eclipse+perl+python+R(java环境)
最近又有人遇到mega构建进化树时报错,所以分享一下这个经验给大家。 Oops!MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.
endnote引用书籍的章节。
自己没有数据,或者科研经费较少或者紧张,科研实验还要继续,利用GEO数据库筛选分子再做后续分析不失为一种经济而又快速的方法。本文详细讲解如何利用GEO数据库在线工具分析差异基因筛选全过程。