omicsgene
提取bam/sam文件指定区域reads
若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。 首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置 ...
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- 安生水
- 发布于 2018-05-18 09:34
- 阅读 ( 14312 )
安生水
blast序列比对中E值是什么意思？
E value——E（Expect）值，表示随机匹配的可能性。E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了 E-value - this tells you the probability of getting this sco...
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- landy
- 发布于 2018-05-17 10:45
- 阅读 ( 17587 )
landy
MCScanX 安装报错，支持64位系统
今天有学员问 MCScanX 安装问题，我试了下，果然有错误。 make报错： g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX msa.cc: In fun...
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-16 21:20
- 阅读 ( 8255 )
如何快速获取多条序列长度信息
如何快速知道你的多个序列的长度呢？这里还是分享一个虚拟机的bio-linux的工具，samtools。命令行格式：samtools faidx xulie.fa(你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件，也是就是在...
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- landy
- 发布于 2018-05-11 11:31
- 阅读 ( 3551 )
如何将基因组的注释文件gff转化成基因的注释文件gtf
在做分析的时候，有时候我们需要将gff文件转化为gtf，如何转化呢？ 这里有一个小工具，虚拟机的bio-linux自带不需要安装，就是gffread： 命令行格式：gffread gff文件 -T -o gtf文件，...
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- landy
- 发布于 2018-05-11 10:55
- 阅读 ( 6385 )
pfam上不去 打开后搜索没有反应
pfam打开不了解决办法，Pfam这个主页里，这些搜索项目点击没有反应，是咋回事呢
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- omicsgene
- 发布于 2018-05-09 08:33
- 阅读 ( 7765 )
利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息
相近功能基因的检索方法，如何利用pfam数据库下载隐马尔科夫hmm文件。
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- landy
- 发布于 2018-04-23 14:05
- 阅读 ( 50571 )
Daitoue
获取MOTIF 位置信息矢量图
MEME(Motif-based sequence analysis tools)大家都很了解，是搜索DNA或者蛋白质的motif常用工具，结果输出一般是有四个文件，motif的图形展示文件（LOGO），txt文本，html的网页信息文件及xml...
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- landy
- 发布于 2018-04-22 21:05
- 阅读 ( 16451 )
一键搞定批量序列提取TBtools！
用基因ID提取其序列很简单，ctrl+F找到ID对应的序列，ctrl+C、ctrl+V就好了，少量基因的还OK，但是如果有几百个甚至上千个ID,手指会不会很酸爽？ 这里墙裂推荐一个软件，功能很强大，就是TBtoo...
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- landy
- 发布于 2018-04-22 19:08
- 阅读 ( 32010 )
分分钟教你绘制基因结构图！GSDS
今天介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server，简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构，清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制...
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- landy
- 发布于 2018-04-22 18:59
- 阅读 ( 66379 )
两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图！
使用FigTree制作漂亮的系统发育树。这款软件需要在JAVA环境下运行，所以使用前记得要安装JAVA。 第一步：选择合适的树形 使用File – open 打开树文件（一般为.nwk文件），在左上方绿色...
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- landy
- 发布于 2018-04-22 18:38
- 阅读 ( 29345 )
ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看
参考基因组下载，Ensembl，NCBI，JGI等网站下载使用，可视化浏览,基因查看与下载等；
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-22 14:59
- 阅读 ( 40865 )
从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据
用迅雷替代官方的prefetch批量下载SRA测序数据，更快更稳定！
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-22 14:37
- 阅读 ( 20445 )
sci-hub文献下载网站
学术界的“盗版女王”，哈萨克斯坦研究生兼女黑客亚历山德拉·埃尔巴克彦。文末附可用链接，再也不用担心下载不到文章了。
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-22 14:26
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phytozome植物基因组下载网站
今天主要介绍一下Phytozome网站基因组如何下载，通过blast查询多个物种中得同源基因，以及根据基因相关功能结构域等批量下载相关基因的CDS，PEP等序列信息；
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-22 14:21
- 阅读 ( 41281 )
