星莓
easySFS的使用
位点频谱SFS (site frequency spectrum)，用来显示一个种群中特定基因座上各个等位基因所占的频率。easySFS是一种高效构建位点频谱的工具，它可用于将VCF转换为dadi/fastsimcoal/momi2可接纳的格式进行人口统计分析。
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- Ti Amo
- 发布于 2023-07-20 15:10
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Ti Amo
vim显示行号、跳转到指定行或列
一、显示行号 命令模式输入 :set nu或:set number Tips：如果要设置每个打开的文件都默认显示行号，则使用vi编辑~/.vimrc文件或者/etc/vimrc文件，在该文件中加入一行set nu，保存并退出...
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- 星莓
- 发布于 2023-07-19 13:50
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sort按科学计数法排序
在使用linux中的sort命令排序时，免不了有p值是科学计数法的情况 可以使用-g参数来对科学记数法的值进行排序，而且默认是从小到大排序。 以下是其他常用参数：
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- 星莓
- 发布于 2023-07-19 13:37
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pip_search，pip search 的替代品
pip search 崩溃以后，各种payhon模块和软件的管理变得异常困难不过还是有一些不错的替代品的
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- xun
- 发布于 2023-07-10 10:00
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xun
安生水
GATK报错| this implies a problem with the file locking support in your operating system
##### ERROR MESSAGE: Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx. Since the GATK uses non-blocking lock acquisition calls that...
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- rzx
- 发布于 2023-07-03 10:10
- 阅读 ( 1279 )
rzx
Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具
Seqtk工具地址：https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式...
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- rzx
- 发布于 2023-06-26 14:20
- 阅读 ( 3945 )
Rush：一款强大的Linux并行任务执行工具
Rush（Rapid Utilities SHell）是一款强大的并行任务执行工具，专门设计用于在Linux或Unix环境中进行批处理任务。该工具的设计初衷是为了使并行处理和任务管理变得更为简洁明了，同时具备灵活性...
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- xun
- 发布于 2023-06-20 14:15
- 阅读 ( 1881 )
Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 17:33
- 阅读 ( 5412 )
OthroFinder-物种同源基因分析工作原理
Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图： 1.1 （a）将所有物种的...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 16:15
- 阅读 ( 4379 )
提取 VCF 文件中的基因型信息
VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...
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- 星莓
- 发布于 2023-06-15 15:59
- 阅读 ( 5936 )
csvtk，A powerful software for handling CSV files
CSVTK，即CSV工具包，是一个用于处理逗号分隔值（CSV）文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率，对于经常处理CSV文件的人来说，特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的...
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- xun
- 发布于 2023-06-08 09:54
- 阅读 ( 1224 )
运行命令makeblastdb建库时报错，生成pdb-lock 空文件。
运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错，生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决：makeblastdb 工具版本问题，从2.13.0版本改成2.6.0版本，就可以...
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- rzx
- 发布于 2023-06-05 15:20
- 阅读 ( 1328 )
blastn使用教程及结果详解
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对
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- 星莓
- 发布于 2023-05-29 14:49
- 阅读 ( 5475 )
