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GEO单细胞转录组数据挖掘示例代码汇总

单细胞数据挖掘示例代码

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  • 发布于 2024-06-11 17:18
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htop查看程序的io占用

传统的top大家都用的很多,但是top里不会显示磁盘io,而在我们服务器里,磁盘高io往往才是程序运行的瓶颈 新版 的htop新增了io 的查看,读写过高对应选项会变成红色,方便我们查看,除此之外htop还有...

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  • 发布于 2024-04-25 11:03
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Scanpy数据结构：AnnData

Scanpy数据结构：AnnData

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  • 发布于 2024-10-11 15:42
  • 阅读 ( 1343 )

基于 gff 文件构建 TxDb 包

TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的，用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。 如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb （transcript database）包，有两种构建方式，一...

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  • 安生水
  • 发布于 2024-05-15 16:45
  • 阅读 ( 1337 )

单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌（HCC）(GSE149614)

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  • 发布于 2024-07-23 10:33
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

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  • 发布于 2024-06-27 13:48
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IF=5.7 | 转录组数据揭示类风湿关节炎的临床诊断模型

​“ 2024年6月Frontiers in immunology 杂志发表了一篇题为Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram mo...

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  • 发布于 2024-07-30 15:50
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RunUMAP函数报错,

执行降维分析的函数,umpa的时候报错 brain <- RunUMAP(brain, reduction = "pca", dims = 1:30) 报错信息如下: Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) :   function '...

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  • 发布于 2024-07-25 14:15
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-癌（NSCLC）(GSE127465)

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  • 发布于 2024-07-24 11:11
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删除指令(rm)报错:"Directory not empty/Device or resource busy"

删除指令(rm)报错:"Directory not empty/Device or resource busy"，是什么问题，如何解决

linux复制软连接的源文件

直接使用cp拷贝一个软连接,就只能得到一个软连接 但如果有的时候我们需要将软连接指向的文件复制到本地,就可以用到-L参数 其中-L是复制源文件,-l则是创建一个硬链接,注意别用错了

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  • 发布于 2024-04-22 13:20
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NCBI下载的10X单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger

NCBI下载的单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger

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  • 发布于 2024-08-22 10:03
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R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

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  • 发布于 2024-04-16 15:38
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-BLCA膀胱癌(GSE192575)

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  • 发布于 2024-06-27 11:44
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B/T细胞分类：

B细胞分类：

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  • 发布于 2024-07-25 09:50
  • 阅读 ( 1201 )

R语言跑循环，如何跳过报错信息？

当使用循环跑R函数的时候，如果其中某一次循环执行时报错，那么就会中断循环体，并在屏幕上打印出报错信息

单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

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  • 发布于 2025-01-10 10:52
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

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  • 发布于 2024-07-24 16:38
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VScode文档列对齐插件-code alignment

一款VScode中文档列对齐的插件

从tar压缩文件夹中仅提取某一个目标文件

有时候我们需要从tar压缩文件夹中仅提取某个目标文件，如果对整个压缩文件进行解压的话，未免太占用空间和资源，我们可以使用如下命令进行操作