单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)
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- omicsgene
- 发布于 2024-06-27 13:33
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omicsgene
IF=4.9 | 多倍体割手密IAA基因家族分析鉴定
“ 2024年7月国际分子科学杂志(International Journal of Molecular Sciences)发表了一篇题为“ Genome-Wide Analysis of the Auxin/Indoleacetic Acid(Aux/IAA) Gene Family in Autopolyploid...
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- rzx
- 发布于 2024-08-29 15:55
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rzx
安生水
基于 gff 文件构建 TxDb 包
TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的，用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。 如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb （transcript database）包，有两种构建方式，一...
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- 安生水
- 发布于 2024-05-15 16:41
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空间转录组数据预处理
空间转录组简介 空间转录组，顾名思义，是在转录组的基础上加上了空间位置信息。如果不借助空间的技术,我们的转录组一般是粉碎组织到细胞层级或者更低的rna碎片层级,而进行sc RNA或者Bulk...
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- xun
- 发布于 2024-07-02 15:56
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xun
单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)
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- omicsgene
- 发布于 2024-07-25 11:01
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SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct
SCTransform在seuratv4的时候没问题,升级到v5的时候不工作,出现报错 > brain <- SCTransform(rep, assay = "Spatial", verbose = TRUE)Running SCTransform on assay: SpatialRunning SC...
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- xun
- 发布于 2024-07-25 15:37
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单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）
单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）
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- omicsgene
- 发布于 2024-06-11 17:24
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biom格式的文件如何转化
biom格式的文件如果想要删除某个物种啥的,转换以后直接修改是不行的 先转化成tsv biom convert -i bak/feature_table_tax.biom -o feature_table_tax.tsv --to-tsv --header-key taxonomys l...
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- xun
- 发布于 2024-07-23 15:29
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用seqtk随机提取指定数目的序列
如果数据测多了，我们可以使用seqtk对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-08-27 17:43
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每天学习一点点
单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)
单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)
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- omicsgene
- 发布于 2024-06-27 14:03
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samtools | 提取部分染色体的bam信息
01. samtools提取bam文件中某部分染色体相关信息 samtools view -b -h XX.bam chr1 chr4 >XX2.bam 02. samtools构建bam文件的索引 samtools index XX2.bam
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- rzx
- 发布于 2024-12-19 16:28
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组装"预实验" | 物种倍性分析
倍性直接影响基因组的大小和复杂性，不同倍性的物种需要不同的组装策略，了解物种的倍性对于基因组组装至关重要
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- Ti Amo
- 发布于 2024-11-25 15:22
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Ti Amo
libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错
libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错
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- 安生水
- 发布于 2024-08-22 15:05
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eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”
解决dbplyr和BiocFileCache不兼容导致eQTplot包绘图时报错的问题
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- 每天学习一点点
- 发布于 2024-06-30 09:52
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